R语言与生物信息（北京站）开课了
2019年我们的第一期R语言与生物信息培训班将于4月20日-24日在北京开始了。本次培训班，依然采用五天教学，通过5天的系统学习，进行大量的案例操作，让您一次性彻底掌握R语言的使用。
课程特色：
1、真正的小班授课，本次培训只招20名学员，U型会议室，方便指导每个学员；
2、五天时间，包含R语言基本介绍，扩展包安装，数据转换，R语言绘图，利用R分析RNAseq数据，WGCNA分析，TCGA分析等内容。
3、准备大量案例，通过远程访问Rstudio与本地端运行，能够顺利运行每个案例。
4、以完整项目为案例，通过亲自上手操作，快速掌握技能，五天完成1万行代码。
5、赠送32G优盘，含有大量生物信息学习资料，可继续巩固学习。
6、赠送一年生物云服务器（32线程，256G，24T）使用权限，可分析自己数据；
7、赠送100页以上纸质版讲义一份；
8、参加线下培训班学员默认为我们VIP会员，享有我们提供的VIP服务；
主讲老师：
王通：曾任职于华大基因，9年以上生物信息分析经验，擅长基因组，转录组，宏基因组，肿瘤基因组等数据分析。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业，主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者，已制作视频500集以上。首创视频＋云服务器培训模式，目前已在北京，深圳，哈尔滨，杭州，武汉，南京，长春，广州，青岛等组织过多场培训班，线上线下累计学员超过4000多名。公众号“基因学苑”作者，已写作生物信息教程150多篇。
课程安排：（根据现场情况适当调整进度）
日期 | 主题 | 课程安排 |
第1天 （上午） | R语言基础与文件操作 | 一 R语言基础 1.1 R语言简介 1.2 R软件安装 1.3 Rstudio软件安装和使用 1.3 Rstudio 设置 1.4 设置工作目录 1.5 R函数 1.6 安装R包 1.7 Bioconductor介绍 1.8 获取帮助 1.9 R语言个性化设置 1.10常用快捷键 1.11 常见错误 |
第1天 （下午） | R语言数据结构 | 二 文件操作 2.1 手动输入数据 2.2 读入文件 2.4 写入文件 2.5 读写excel文件 2.6 访问数据库 三 R语言数据结构 3.1 内置数据集 3.2 向量 3.3 矩阵 3.4 列表 3.5 数据框 3.6 因子 3.7 缺失数据 3.8 时间序列 |
第2天 （上午） | 数据索引与操作 | 四 数据索引及操作（重点） 4.1 数据索引 4.2 筛选过滤 4.3 排序sort与order 4.4 分组统计 4.5 数据合并与拆分 4.6 tidyr与dplyr |
第2天 （下午） | 统计检验与数据挖掘 | 五 统计检验 5.1 零假设检验 5.2 频数统计与独立性检验 5.3 t检验与wilcox检验 5.4相关性检验 六 R语言数据挖掘 6.1线性回归 6.2基因组大小与基因个数线性回归 6.3购物篮分析 6.4用户收听习惯分析， 6.5 利用机器学习预测乳腺癌 |
（上午） | R语言绘图 | 七 R语言与生物信息绘图 7.1 R语言绘图系统介绍 7.2 高级绘图与低级绘图 7.3 绘图参数 7.4 绘图函数包 7.5分组条形图 |
第3天 （下午） | R语言绘图 | 7.6基因长度分布直方图 7.7饼图及扇形图 7.8箱线图 7.9热图 7.10韦恩图 7.11 gwas分析曼哈顿图 7.12 COG功能注释图 7.13 ggplot2绘图系统 |
第4天 （上午） | RNAseq分析 | 八 R语言分析RNAseq数据 8.1 RNAseq简介 8.2 RNAseq基本分析流程 8.3几种RNAseq定量方法比较 8.4下载参考序列及GTF文件 8.5分析案例介绍 8.6 hisat2比对与reads计数 8.7 利用R分析RNAseq 8.8差异表达基因筛选 8.9 结果可视化 |
第4天 （下午） | 基因功能注释 | 九 基因功能注释以及富集分析 9.1 注释相关包介绍 9.2基因ID转换 9.3 GO功能注释与富集 9.4 GO功能注释可视化 9.5 KEGG功能注释与富集 9.6 KEGG功能注释可视化 9.7利用AnnotationForge创建注释包 |
第5天 （上午） | WGCNA | 十加权共表达网络（WGCNA）分析 10.1 WGCNA介绍： 10.2 WGCNA应用案例： 10.3实验设计 10.4输入数据格式 10.5 寻找最佳beta值 10.6 构建共表达网络 10.7 模块与表型相关性计算 10.8 Cytoscape可视化 |
第5天 （下午） | TCGA | 十一 TCGA数据挖掘 11.1 TCGA简介 11.2 TCGA实验设计 11.3 TCGA数据下载 11.4 TCGA数据合并与转换 11.5 TCGA分析案例 11.6 生存分析 附录一: R语言常用包 附录二：R语言参考卡片 附录三：R内置数据集 |
报名须知：
时间：2019年4月20~4月24日（五天）每天早上8:30~17:00
上课地址：北京市海淀区辰茂鸿翔酒店（地铁10号线牡丹园地铁站附近）
请自带电脑（windows与mac系统均可），提供午餐。
付款方式：
培训费用：5000元
付款方式：银行对公转账
户 名：青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行：中国建设银行青岛高新区支行
账户：37101006101052502221
可以现场刷卡或扫码支付等，会议通知等请联系工作人员。
报名方式：
添加老师个人微信，拉进培训交流群，填写报名回执单。
电话：156 4253 9895
常见问题：
1、为什么要学习R语言？
R语言是一款统计软件，随着生物大数据的大量产出，越来越需要统计软件进行数学统计与检验，以及数据挖掘，而这些工作都可以通过R原因来完成。
2、想学习python进行数据分析，还需要学习R语言吗？
R语言包含了bioconductor项目，可以完成大量生物信息分析项目，这个是目前python没有的，而且学习python与R并不是互斥的，而是相互促进的。
3、需要绘制一些图形，这个课程可以吗？
其实绘图只是R语言一部分功能，但熟悉R语言的数据结构之后，利用R语言绘图并不难，通过本次课程，可以学会各种数据的可视化。
4、需要做哪些准备，对系统有要求吗？
对计算机系统没太多要求，流畅运行即可，上课为了节省时间，我们都通过远程登录服务器的方式使用R语言，这些案例可以课后在个人电脑上运行。
5、培训完后面有不会的问题怎么办？
培训班结束了，学习并没有，我们有培训交流群，后续可以在群内继续交流学习。