生信平台搭建（三）：配置软件源和使用yum

登录服务器之后就可以进行配置了，首先，第一项工具就是修改软件源。之前centos是采用国外官方源，现在程序已经可以很智能的选择附近的源，这样下载速度会快很多。另外就是添加一下epel源，epel是fedora使用的软件源，为什么要添加这个呢，一些最新的测试内容都会放在这个源里面，例如R软件，因此，这一步是非常必要的。

添加epel源

如果是自己安装的本地Linux系统，需要手动添加，腾讯云的镜像里面默认带了这个源了。不过，我们依然可以学些一下。

#安装epel源
yum install -y epel-release.noarch
#清空缓存
yum clean metadata
#重新加载进来
yum makecache

安装NTFS支持

默认的centos系统是不支持读取微软的NTFS格式移动硬盘和U盘的，需要安装ntfs相关配置。虽然你现在使用云服务器不用插优盘，但是总有一天你会用到的。安装完epel源之后，才能够安装这些内容。

yum install -y ntfs-3g.x86_64 ntfs-3g-devel.x86_64 ntfsprogs.x86_64

这样就能够读写NTFS格式的磁盘内容了。

学习一下yum

因为后面会大量使用到yum工具，所以，你需要学习一下yum工具的使用，这个工具类似于ubuntu中的apt工具，是一个软件管理工具。
Yum全称为 Yellowdog Updater, Modified是一个在RedHat以及CentOS中的Shell前端软件包管理器。主要目的是用来自动解决软件依赖关系问题而开发的。为什么叫Yellodog，是因为之前有一个Linux的发行版本叫为Yellowdog，后来Redhat也引入yum这种软件管理方式。yum基于RPM包管理，能够从指定的服务器自动下载RPM包并且安装，可以自动处理依赖性关系，并且一次安装所有依赖的软件包，无须繁琐地一次次下载、安装，这点非常重要。

yum选项参数

最基本的yum包括以下几个选项

yum list   #列出rpm库所有包
yum search java #搜索软件
yum install -y java  #安装软件，加-y 不需要提示回答
yum remove java  #卸载
yum update java  #升级，或yum   upgrade

更多详细内容
1、安装

yum install package1     #安装指定的安装包package1
yum groupinsall group1   #安装程序组group1

2、更新和升级

yum update               #全部更新
yum update package1      #更新指定程序包package1
yum check-update         #检查可更新的程序
yum upgrade package1     #升级指定程序包package1
yum groupupdate group1   #升级程序组group1

3、查找和显示

yum info package1      #显示安装包信息package1
yum list               #显示所有已经安装和可以安装的程序包
yum list package1      #显示指定程序包安装情况package1
yum groupinfo group1   #显示程序组group1信息yum search string 根据关键字string查找安装包

4、删除程序

yum remove  package1   #删除程序包package1
yum groupremove group1             #删除程序组group1
yum deplist package1               #查看程序package1依赖情况

5、清除缓存

yum clean packages       #清除缓存目录下的软件包
yum clean headers        #清除缓存目录下的 headers
yum clean oldheaders     #清除缓存目录下旧的 headers

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