生信平台搭建（七）：R语言与Rstudio安装

随着生物数据越来越多，生物统计学的作用越来越明显了。因此，R语言在生物数据分析和挖掘中扮演着越来越重要的作用，越来越多的分析都可以直接使用R软件来完成。虽然R语言可以在windows和MacOS等图形化界面下使用，也很方便，但是使用Linux版本的R，可以充分利用服务器大的资源，并且命令行版本更适合批量化和自动化。

利用yum安装R

默认的CentOS源中是没有R软件的，需要安装epel源，我们之前已经安装了，R软件在里面的名字为R.x86_64，如果不知道这个名字，可以使用yum search进行搜索。由于yum search不能使用正则表达式进行限制范围，会将所有包含R字符的结果都列出来，这里我们利用一个技巧。

# yum install -y epel-release
yum list |grep "^R
R.x86_64                                3.5.2-2.el7                    epel     
R-RInside.x86_64                        0.2.15-1.el7                   epel     
R-RInside-devel.x86_64                  0.2.15-1.el7                   epel     
R-RInside-examples.x86_64               0.2.15-1.el7                   epel     
R-RUnit.noarch                          0.4.26-7.el7                   epel     
R-Rcpp.x86_64                           1.0.1-1.el7                    epel     
R-Rcpp-devel.x86_64                     1.0.1-1.el7                    epel     
R-Rcpp-examples.x86_64                  1.0.1-1.el7                    epel     
R-core.x86_64                           3.5.2-2.el7                    epel     
R-core-devel.x86_64                     3.5.2-2.el7                    epel     
R-devel.x86_64     

其中的R.x86_64就是要的结果，当前还是3.5.2的版本，软件源里的结果比R官网要慢一下，目前R官网最新版本是3.6。不过这个版本也足够用了。
安装R

yum install -y R.x86_64    

安装Rstudio-server

Rstudio是R的集成开发环境，非常的好用，在服务器端安装Rstudio-server之后就可以通过浏览器访问R，非常的方便。
下载最新版Rstudio-server
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
yum install -y rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

开启8787端口

CentOS7 系统采用新的防火墙策略，因此，安装完成Rstudio之后，还不能通过浏览器访问，需要进行防火墙设置才行，ubuntu系统可以直接访问，下面的设置非常重要。

systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload

这样就完成了R与Rstudio-server的安装，通过IP地址加端口好就可以访问了。例如it.tongyuangene.com:8787

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