生信平台搭建（八）：R包的安装

安装完R和Rstudio之后，接下来很重要的工作就是安装R包以及bioconductor的包，由于Rstudio不能采用root账户登录，因此，需要在Linux的R中进行安装，这样R包会安装在根目录下，这样所有服务器里的用户都可以访问，也就是只需要安装一次，所有用户，均可使用。

设置镜像

由于R和bioconductor的主服务器都在国外，因此，设置镜像非常重要，这样安装包将从国内下载，尤其是bioconductor包，速度会有非常明显的差别。一些包安装不成功，就是因为镜像太慢，导致中途一些包无法下载完成。

#命令行直接敲R
$ R
> options(repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
> options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

安装R包

镜像设置好了就可以开始安装了。需要的R包很多，不过R包之间有很强的依赖关系，所以，只需要安装一些大的流程包，就会一下在安装很多，例如bioconductor的27个workflow。

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install("rnaseqGene")

批量安装

当然如果你需要安装很多R包，一个个安装实在太麻烦了。这个时候可以将R代码写到一个文件中，例如命名为installR.R文件。

options(repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
library(BiocManager)
install.packages(c("ggplot2","WGCNA","vcd","cars"))
 BiocManager::install("RNAseq123")
 BiocManager::install("rnaseqGene")
 BiocManager::install("RnaSeqGeneEdgeRQL")
 BiocManager::install("EGSEA123")
 BiocManager::install("ExpressionNormalizationWorkflow")
 BiocManager::install("cytofWorkflow")
 BiocManager::install("simpleSingleCell")
 BiocManager::install("annotation")
 BiocManager::install("variants")
 BiocManager::install("TCGAWorkflow")
 BiocManager::install("recountWorkflow")
 BiocManager::install("highthroughputassays")
 BiocManager::install("proteomics")
 BiocManager::install("eQTL")
 BiocManager::install("chipseqDB")
 BiocManager::install("generegulation")
 BiocManager::install("methylationArrayAnalysis")
 BiocManager::install("arrays")
 BiocManager::install("BiocMetaWorkflow")
 BiocManager::install("liftOver")
 BiocManager::install("sequencing")

运行脚本，这其中可能有一些包无法安装成功，后续还需要自己重新安装。

R -f installR.R

---------- END ----------

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