生信平台搭建（十）：生物软件安装

工作目录设置明白之后我们就可以开始安装软件了，并且我们前面已经对系统进行了很多基础配置，例如gcc，java，cmake，zlib，glibc等这些都安装完成，其实现在大量软件都可以直接使用root账户进行编译了。虽然现在有bioconda可以非常方便的安装6000多个软件。但由于bioconda会将软件安装目录搞的很乱，因此，多数情况下我还是喜欢安装。

安装bwa三件套

1、安装bwa软件

cd /ifs1/Software/src
wget  https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2
tar -xjvf bwa-0.7.17.tar.bz2 -C ../biosoft
cd ../biosoft/bwa-0.7.17/
make

2、包括samtools和bcftools在内的很多软件都需要依赖htslib，所以需要先安装htslib

cd /ifs1/Software/biosoft
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoheader     
autoconf      
./configure   
make
make install

3、安装samtools

cd /ifs1/Software/biosoft
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
cd samtools
autoheader     
autoconf -Wno-syntax
./configure          
make

4、安装bcftools

cd /ifs1/Software/biosoft
git clone https://github.com/samtools/bcftools.git
cd bcftools
autoheader 
autoconf 
 ./configure --enable-libgsl --enable-perl-filters
make

创建快捷方式

安装完软件只能在当前目录下运行，并且还需要添加”./"，这样显然比较麻烦，我们需要在任何目录下都能够运行软件。这就需要添加“桌面快捷方式”——软连接。

cd /ifs1/Software/bin/
ln -s /ifs1/Software/biosoft/bwa-0.7.17/bwa ./
ln -s /ifs1/Software/biosoft/samtools/samtools ./
ln -s /ifs1/Software/biosoft/samtools/misc/wgsim .
ln -s /ifs1/Software/biosoft/samtools/misc/plot-bamstats ./
ln -s /ifs1/Software/biosoft/bcftools/bcftools ./
ln -s  /ifs1/Software/biosoft/htslib/bgzip ./
ln -s  /ifs1/Software/biosoft/htslib/tabix ./

修改PATH变量

链接完成之后，还并不能马上起作用，需要将当前目录"./"和“/ifs1/Software/bin/”添加到PATH变量中才行，运行一下命令。

echo "export PATH=\"\$PATH:./:/ifs1/Software/bin/:\$PATH\" "  >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

这样在任何目录下都可以直接敲命令bwa，samtools，bcftools等运行软件了，以后安装完软件只需要将其可执行程序链接到/ifs1/Software/bin/目录下即可。

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