生信平台搭建（十三）：bioconda

bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件，我经常和别人讲其类似于苹果的App store，可以在里面进行搜索，下载，安装，升级，删除等等操作，目前已经是最好的生物软件管理工具了，尽管前面我提到因为bioconda的目录很乱，我不喜欢用，但还是非常推荐给大家。bioconda最大的一个好处是普通账户也可以安装很多工具，比如之前如果缺少个库，管理员一条命令就完成了，但是普通用户自己编译比登天还难，还得修改bashrc。

下载安装

软件的安装比较容易，我们采用普通账户来进行安装。注意安装过程中，有一些步骤必须手动选择yes，否则后面新手修改起来比较麻烦。

# 下载最新款软件
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#sh 运行这个脚本
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  

#1 按回车继续
Please, press ENTER to continue
>>>
#2 是否继续，手动填yes
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>  yes

#3 软件安装目录，默认即可，回车继续，开始安装
[/ifs1/User/wangtong/miniconda3] >>> 

#4 是否需要初始化，手动填yes
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> 

#刷新一下设置
source ~/.bashrc 

#命令行直接敲conda，如果能够运行，表明安装成功了

现在conda会默认改变命令行设置，如果不喜欢这种耍流氓的行为，可以将其关闭。不过关闭后又可能造成后面一些路径找不到的问题，新手还是先不关闭吧。

$ source .bashrc
(base) wangtong 25:00:36 ~
$ conda config --set auto_activate_base false
wangtong 25:00:45 ~
$

添加软件源

默认的conda软件源是用来管理python模块的，必须添加bioconda的源才能下载到生物软件，以前推荐大家使用国内的镜像源，速度快很多。不过，前段时间所有国内镜像都不能用了，现在只能使用官方的源，不过速度还可以。在命令行运行以下两条命令。

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

安装软件

完成以上配置就可以开始安装了，如果知道软件的名字直接安装即可，如果不知道具体名字，可以首先进行搜索。例如我们这次还是安装bwa三件套。

#搜索软件，会列出多个版本软件，如果不加版本好，安装最新款工具
$ conda search bwa    
$ conda search bwa
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
bwa                            0.5.9               0  bioconda            
bwa                            0.5.9               1  bioconda            
bwa                            0.5.9      ha92aebf_2  bioconda
#安装软件 ，加-y 后面不和你墨迹
$ conda install -y bwa  samtools=1.9 bcftools=1.9    

更多conda命令

info	显示某个软件信息
help	给出帮助信息
list	查看所有安装的软件
search	查找安装的软件
create	创建一个新的conda环境
install	安装需要的软件
update	对软件进行升级
upgrade	与update相同
remove	卸载已经安装的软件
uninstall	与remove相同
config	配置软件源
clean	移除没用的软件安装包和缓冲
package	低配版软件工具，还在实验中

自行安装以下软件

fastqc，fastp，cutadapt，freebayes，gatk4，bedtools，seqtk，seqkit，hisat2，bowtie2，minimap2，jellyfish，kallisto，star

---------- END ----------

（添加作者微信，请注明单位姓名）

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