生信平台搭建（十四）：bioconda虚拟环境

有了无所不能的bioconda之后相当于打开了一个新世界，你可以用conda快速安装上千款生物软件，不过bioconda也有一些缺点，除了安装目录比较混乱之外，由于需要不同的python版本，会导致一些软件相互干扰，无法运行。因此，bioconda提供一种“虚拟环境”的解决方案。虚拟环境提供了一种隔离机制，比虚拟机和docker都更加方便。这样有一个好处是，非常方便复述文献的结果。

安装qiime

qiime是非常流行的宏基因组扩增子分析软件，以前自己编译安装qiime软件非常非常复杂，而现在有了bioconda之后，几条命令就完成了，下面我们来试一下。

# conda命令查看当前虚拟环境
conda info --envs
#利用conda创建一个虚拟环境，命名为qiime，指定python版本为2.7，
conda create -n qiime python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
#激活qiime环境
source activate qiime
#可以运行qiime的软件了

#退出虚拟环境
conda deactivate

安装qiime2

利用bioconda安装qiime2

conda info --envs
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2 --file qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml

source activate qiime2
qiime --help
conda deactivate

安装falcon

falcon是用来拼接pacbio测序数据的工具，也需要使用虚拟环境安装使用。

# 查看虚拟环境
conda info --envs
# 创建虚拟环境pb-assembly
conda create -n pb-assembly
# 激活虚拟环境
source activate pb-assembly
# 安装pb-assembly软件
conda install pb-assembly
# 运行工具
fc_run --help
# 退出虚拟环境
conda deactivate

每次使用这些工具都需要先激活虚拟环境，注意命令行的变化。

$ wangtong 20:19:39 ~
# conda activate qiime
(qiime) wangtong 20:20:02 ~
# 

---------- END ----------

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