新版PubMed扫盲篇

一、Pubmed更新

PubMed已经更新一段时间了，今天带大家重新了解下操作技巧。

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广撒网，多捞鱼

在科研课题决定之初，利用Pubmed进行充分的文献调研早已是一件家常便饭的事情，然而让人头疼是，在搜索关键词后，跳出的结果大多不是自己想要的剧情，很多与关键词不匹配的文章充斥其中，无疑加大了研究者文献筛选的工作量。 举个栗子，打开Pubmed网页之后，在检索框中，输入Inflammatory bowel disease TNF后，点击“Search”或按Enter键，结果如下图所示。

显然，对于输入Pubmed的多词词组，它会查询词组索引，如果查到相应词组会将其作为一个检索词来检索，但如果没有查到相应词组，则会将其拆分成单个词分别检索。所以Inflammatory bowel disease TNF就相当于Inflammatory AND bowel AND disease AND TNF。

如果不想把词组分开咋办？方法很简单，四个锦囊妙计送给你：

1）加双引号：“Inflammatory bowel disease”TNF；

2）加标段标识[tw]：Inflammatory bowel disease[tw] TNF；

3）加短横线：Inflammatory-bowel-disease TNF；

4）加截词符*：Inflammatory bowel disease* TNF

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MeSH查缺补漏

但是问题又来了，Inflammatory bowel disease还有一种缩略写法IBD，上面的搜索方式无疑会漏掉一些文献，而且还有一些关键词还会有很多同义词，不是一次性搜索就会全部出现的。此时，Pubmed里的一款总结同义词的利器——MeSH霸气上线了。 
以liver cancer lncRNA为例，在MeSH里输入liver cancer，就会跳出主题词liver Neoplasms，这名词看上去可就高大上多了。

点击第一个主题词liver Neoplasms后，可寻找相应的副题词并进行打钩后，点击右边上的“Add to Search builder”加到你的关键词构建（PubMed Search Builder）中。这样第一条关键词就是“肝肿瘤的遗传学分析”

然后不要退出，继续输入关键词lncRNA，也通过“Addto Search builder”加到关键词构建中，这个时候需要注意的是，用“And”这种逻辑语言的话，就代表求交集了，当然还可以自主换别的逻辑语言。构建完你的关键词之后，点击了“SearchPubMed”就OK了。

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精确检索文章

当然你要是有所针对的或特异性的搜索具体作者、杂志或者其他信息等，还可以进行更加高级的检索，点Advanced就可以了！

进去之后是个这个界面，检索之后的步骤就是一样的了：

又或者，在Pubmed的主页面中，点击Pubmed Tools中的Single Citation Matcher，进入以下界面，输入特定的杂志、日期、作者名字（第一作者或通讯作者）即可靶向某篇特定的文章。

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获取全文攻略

Pubmed是摘要数据库，其本身并不提供文献全文服务。对于检索到的文献，若检索结果列表中显示的PMC Full text 图标的文章。这类文章可以直接到PMC 中去阅读网页版的全文，或者在网页版全文阅读页面找到PDF 下载链接进行下载。

另外，LinkOut-more resources这里也可以链接到数据库，若数据库中的有全文链接，也可直接点击PDF进行下载。

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临床研究文献检索

一般，Pubmed检索出的整体结果是未经分类，研究者需自行阅读分类或使用filter（滤器）自行筛选。因而，若想查看具有针对性的临床研究文章，也需花费大量的时间和精力。但是Pubmed主页里Pubmed Tools中的Clinical Queries可让研究者简便快捷的找到相关文献。

点击后，可进入以下界面，其中包括了三大板块：Clinical Study Categories（可选择病因、诊断、治疗、预后和临床预测指南等）、Systematic Reviews和Medical Genetics（临床遗传学）。

选择右下的see all，回到PubMed主页。输入你的二级关键词：TNF，点击搜索文章即可。

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追踪最新文献

首先sign in to NCBI，即登陆“My NCBI”，没有的小伙伴可以注册一下。其次在搜索框中输入breast cancer，点击Search按钮后在新界面中点击Create alert。

在新的界面中，根据自己的研究热点来设置推送的文章内容,设置完成后点击save即可。

点击相应的位置，还可修改、删除原有设置。

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英文期刊查询

当已知某篇英文文章时，以《Surgical treatment of pulmonary tuberculosis:the phoenix of thoracic surgery》为例，可在Pubmed中检索出该文章后，点击杂志名称J Thorac Dis，此时会跳出自动选择框，点击选择“Search in NLM Catalog”，即可进入杂志信息页面。

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文献导入Endnote
在Pubmed数据库执行检索后，获得的信息通常是杂乱无章的，为了方便文献筛查，将文献目录导入Endnote是一个良好的选择。下面详细介绍下文献导入Endnote的具体操作。

8.1 导出PubMed格式文件
在Pubmed检索结果页面点击“Save”，Selection中选择需要导出的文献，Format内选择Pubmed，点击Create file生成pubmed-AspirinMes-set.txt文件，见下图。

8.2 导入EndNote

创建一个新的Endnote或在已有的Endnote中，点击File-Import-file（或点击import快捷键，见图1），choose刚刚下载的pubmed-AspirinMes-se.txt，Import Option内选择「PunMed (NLM)」。如果没有，可以打开下拉框，选择Other Filters…，点击Import即可将检索结果导入Endnote。

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参考文献引用
新版PubMed可直接生成引文格式，可以直接复制，很节约时间。

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Scholarscope插件

该插件可以显示文献的所属期刊的影响因子、期刊分区、文献类型，提供额外的全文下载路径、扫码分享文献等。

二、魔改PubMed

多机构对pubmed数据库进行二次定制，从而诞生了很多不同的网站（数据来源于Pubmed），用于文献分析，这里主要介绍了4大文献检索、分析网站：GoPubmed、PubReminer、GeenMedical、Pubmedplus。

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GoPubmed

https://www.bionity.com/en/encyclopedia/GoPubMed.html

这是我第一次接触pubmed定制的网站，当时刚刚开启检索数据库的大门，对很多检索知识还知之甚少。每一次检索pubmed官网的时候，都能检索出成百上千篇文献，可是，面对如此繁杂的文献，却不知从何下手，不知道该先阅读哪些文献。偶然一次机遇，让我遇见了Gopubmed，好像在断桥遇见白娘子，好生喜爱。

不过，GoPubmed也有不足的地方，每一次检索，只能检索出10万篇文献量。但是，一般我们如果对某一研究方向进行检索，精炼检索式，不会检索出10万篇文献。

Gopubmed的侧边栏做得不错，可以依据期刊、出版商、研究主题进行细分。

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PubReminer

http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi

PubReminer一次最多检索出25000篇文献，相较于GoPubmed更少，而且，在二次分析时同样也有”年代、作者、期刊“这几大类，但是，其独有的”Word、Mesh、Substances“却另有一番韵味，可以与GoPubmed相辅相成。

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GreenMedical

http://www.geenmedical.com/

GreenMedical和Pubmedplus是近几年刚刚发展起来的，检索时也非常的方便。能够通过影响因子对检索的文献进行二次分析，检索的结果，也能导出题录，并且能够免费下载大部分文献。

文献下载的内核基于SCI-HUB(对于Sci-Hub这里就不介绍了大家可以自行百度)，所以，文献下载的量已经非常大了，可以满足日常文献下载阅读需求。

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Pubmedplus

http://pubmedplus.com/#/index

Pubmedplus，相较于GreenMedical，虽不能对检索的文献进行二次影响因子分析，但是，在每一篇文献下方，都显示了文献的影响因子，因此，可以和GreenMedical互补，当然，对于大部分文献也是可以进行免费下载的，内核也是基于Sci-Hub的。

以上介绍了基于pubmed数据库的几大检索网站，可以方便大家日常的检索，也方便大家论文的下载。不过，做研究，最重要的是要阅读文献，这一系列检索方法，都是为最终的文献阅读做铺垫，所以，还是希望大家平时多多阅读，才能提高自己的文献修养。

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本文转载自解螺旋精选

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