经方的起源：《神农本草经》
经方之起源，需追溯至《神农本草经》（下简称《本经》）及《神农黄帝食禁》。关于本经是否为神农氏所作，有相关史料记载。
皇甫谧《帝王世纪》：炎帝神农氏，长于江水，始教天下讲种五榖而食之，以省杀生。当味草木，宣荣疗疾，救夭伤人命。百姓日用而不知，著《本经》四卷。
然古人著述，有托名之风。后人多认为《本经》非神农所作。如陶弘景说：“但轩辕以前文字未传，如六丈指垂画像，稼墙即事越迹。至于药性所主，当以识识相因，不尔，何由得闻。”
《神农本草经》
即陶氏认为，在黄帝时期之前，文字并未产生，自然不可能有此著作，此说较有根据。
现在认为，此书在战国时期或已有流传，其在流传过程中，此书收藏者与整理者附上当时的郡县名（见马继兴《中医文献学》与《神农本草经辑注》二书），最终成书时期应为西汉。
有研究认为，西汉刘向、刘歆父子所作之《七略》及《汉书·艺文志·方技略》均载有经方十一家之一的《神农黄帝食禁》，为《本经》与《黄帝（食忌）》二书之合篇。据马继兴《中医文献学》考证，理由如下：
在《千金要方·卷二十六》（食治）共辑录食用药物154种，其中126种的记文基本上与《本经》及《名医别录》的记文相同，乃据自《神农本草经》早期传本之一所辑录的。此卷中又有专门注明“黄帝云”的关于食药禁忌的引文共48条（约50余种食药）。因此，不论从名称上或内容上，都和《神农黄帝食禁》一书相符。
若依此说，则作为经方十一家中唯一一家本草，极有可能是从神农本草经整理发展而来。
在其后，张仲景作《伤寒杂病论》，其在杂病部份（即现今所传之《金匮要略》）最后的《禽兽虫鱼禁忌并治第二十四》及《果实菜谷禁忌第二十五》两篇内容，大多与《千金·卷二十六》所引《神农黄帝食禁》的内容完全相同。
然亦有另一种可能，即《本经》有可能是《神农黄帝食禁》的辑本，《本经》的整理者从《神农黄帝食禁》中，将“黄帝云”相关的内容剔除后，保留了《神农本草》的内容，故名之曰《神农本草经》。
总之，不论《本经》与《神农黄帝食禁》何者先有，经方之起源皆需溯之于本草，而本草之图腾即是神农氏。
经方本草，是经方的方根配伍的基础，其论皆不本草治疗因外风寒暑湿燥火作用于人体，所生之表里虚热虚实之病理变化。
其后至晋代陶弘景之《本草经集注》与《名录别录》，孙真人《千金翼方》之卷二——卷四本草上中下三篇 ，皆为经方本草的传承之作。
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