统计图表是医学研究成果最直观的展示方式。每一篇高质量的医学论文不可或缺的就是优美的图形展示。但是，对于非生信专业出身的筒子们，为了几张优美的分析图表，耗费时间和精力去硬啃代码，显然不划算.....怎么办呢？
别急！！！自动分析绘图软件帮我们摆脱繁琐代码，通过点选菜单，分分钟做出满足论文发表的高质量图片。
目前的科学绘图界，呈现出Sigmaplot， Graphpad prism， Origin三分天下的局面。据统计，目前国际杂志发表的论文中，80%图片出自这三大软件之手。较其它两种软件，Graphpad prism的操作最为简单，制图效果最好。
今天就来了解一下此款软件---Graphpad Prism
是什么？
Graphpad prism是一款专业的医学绘图软件，它基于生物统计，曲线拟合和科学绘图于一体，功能非常的强大。超过100个国家的超过10万的科学家在用此软件来统计分析、创建图形，来展示他们的科学数据。
相对于其他统计绘图软件（例如R语言），它的绝对优势是可以直接输入原始数据，自动进行基本的生物统计，同时产生高质量的科学图表。
做什么？
Graphpad Prism可以进行5种格式的数据表的统计分析及绘图。
1. XY数据表
XY数据表上的每一点都是由一个X值和一个Y值定义的。这种数据格式可进行的统计分析有线性回归和非线性回归、相关性分析、三次样条拟合及LOESS、曲线及曲面拟合，绘制的图形包含点图、折线图、柱状图和面积图。
2. Column列表
若数据由一个方案定义，或许是对照组vs治疗组，或安慰机组vs低剂量组vs高剂量组，使用列表格式的数据组。这种数据格式可进行的统计分析有T检验、单因素方差分析、ROC曲线分析等等。绘制的图形包含散点图、箱线图。
3. 分组数据表
一个分组变量按行定义，其他分组变量按列定义。这种数据格式可进行的统计分析有两 因素方差分析、重复测量的两样本方差分析、多重假设检验分析。绘制的图形包括条形图、点图、折线图。
4. 列联数据表
将数据表中行和列定义的对象（或观察值）的实际数量制成表。这种数据格式可进行的统计分析有卡方检验、Fisher精确概率法。绘制的图形包括柱形图、条形图。
5. 生存数据表
生存数据表是用来输入每个对象的信息。这种数据格式可进行的统计分析有单因素生存曲线比较。这种格式数据可实现生存曲线的分析及绘图。支持的检验方法有非参Kaplan-Meier法、Log-rank时序检验法、Wilcoxon-Gehan法。同时实现各种样式生存曲线图的绘制。
怎么做？
首先，我们先下载并安装好软件。
GraphpadPrism是一款本地化软件，可以在官网下载（http://www.graphpad.com）试用版，目前更新到第七版（包含Windows版本和Mac版本），使用期限为30天。如果想免费使用软件，当然破解版也是有的。
GraphpadPrism 7 破解版下载地址：
http://www.xpgod.com/soft/42994.html
里面有详细的软件安装说明，几分钟就搞定。
下面是Graphpad Prism使用的pipeline：
举例子
以发表在CANCER期刊上某文章里的Figure3B（如下图）为例，我们看看这个图是如何一步步画出来的：
（图片来源于文章：Mutation tracking in circulating tumorDNA predictsrelapsein early breast cancer）
第一步
打开软件，根据分析及作图要求，进行表格的创建。需要选择左侧框中的数据表类型和右侧框中的作图模版，以及右下侧的数据表统计细节。然后点击底部的“Create”。实例图是患者早期复发组和有效组突变拷贝数的差异分析，所以我们选择Column列表,分类点图。
第二步
输入分析数据（手动输入或者已有数据粘贴复制）。
第三步
选择统计分析方法，进行统计分析。单机菜单中的“Analyze”，然后在左侧边框选择统计分析方法，单击底部的“ok”选项。此处，我们选择Mann-Whitney检验。
第四步
此时，图形已经自动生成，接着就是修图了。图形的标题、轴标签以及图形的背景、元素等等，都可以手动修改-没有做不到，只有想不到。我们先看看软件自动绘制的图形，如下：
根据需要，我们需要轴标签和数据的数据的形状。将鼠标直接放在轴标签处，点击进行删除或者修改操作。对于数据形状，单击菜单中的图形修改选项（如下图顶部标记），然后选择数据组以及设置的形状，单击“ok”键。单击右侧“T”图例，进行文字的添加，在适当的位置，输入P值信息，就可以了。
修图完成后，让我们看一下调整后的图片吧。
第五步
导出图片。单击菜单中的“File”选项下“Export”选项，然后会弹出导出图片格式框（如下图），选择图片格式及保存路径、文件名，点击底部的“ok”就完成了。
是不是so easy！！！
Graphpad Prism软件入门，我们就讲到这。
下一节，利用此款软件解决我们分析中用到的常见图表问题，例如相关性分析/生存曲线分析等等，进一步了解并熟悉软件的使用。
/End.
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回复文字：好好学习，收听喜马拉雅FM电台栏目《一分钟听懂NGS基础概念》，让生信分析不再遥不可及。
回复文字：果然科学，给你看另一篇好玩的文章。