速看!比较基因组学研究最新进展！
比较基因组学
及分子进化中的统计分析方法
研
究
背
景
比较基因组学是从进化的角度分析不同物种的基因组数据，并分析基因功能、疾病和表型的遗传机制。随着高通量测序技术的发展和海量基因组数据的积累，越来越多的物种在种内水平上拥有多个样本种群基因组数据。如果能将多物种群体水平的遗传多态性与物种水平的进化结合起来，将有助于分析物种(尤其是近缘种)生产过程中的适应性进化和表型形成机制。如何运用统计学模型和方法有效地进行数据挖掘和比较基因组分析，成为制约进化基因组学发展的关键因素。
为此，特举办“比较基因组学及分子进化中的统计分析方法专题”在线直播课程。本次培训主办方为北京软研国际信息技术研究院，承办方为互动派（北京）教育科技有限公司。课程通过真实数据和案例分析来介绍目前统计方法、计算算法和软件的应用，以满足当前对规模越来越大的复杂基因组、比较基因组数据统计分析培训的巨大需求。为国内外基因组/表观基因组大数据分析、统计遗传学、计算系统生物学、复杂疾病遗传易感性研究和预防统计等领域的学者、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台，也为今后的项目交流和相互合作创造条件。具体通知如下：
培
训
目
录
比较基因组学及分子进化中的统计分析方法专题
2023年01月07日-01月08日
2023年01月14日-01月15日
在线直播（授课4天）
课
程
特
色
☆ 本次专题课程采用在线直播的形式，提供无限次回放视频，发送全部案例资料，建立永不解散的课程群，长期互动答疑。采用“理论+实操”的讲授模式，以案例和科研论文为实例，走通整个模拟流程。
☆ 本课程主要讲授生物信息学基本操作环境、Linux系统入门、蛋白序列比对及相关软件使用、基因家族聚类分析、基因富集分析、正选择分析及相关软件使用、泛基因组构建及分析、共线性常用工具及分析、基因树及物种树构建及构建系统发育树软件使用等（具体请查看课表内容）。
学员反馈
向下滑动查看
课
程
大
纲
比较基因组学及 分子进化中的统计分析方法专题 | |
Linux系统入门训练 | 1. 生物信息学基本操作环境 1.1 常用基础工作环境 1.2 SSH远程登录方法 1.3 FTP软件的使用及文本编辑器使用 2. linux基本操作 2.1 linux常用命令 2.2 vi/vim编辑器 |
蛋白序列比对 | 1. BLAST软件介绍 1.1 BLAST软件安装 1.2 选择BLAST工具 1.3 BLAST常用参数 2. Mafft软件介绍 2.1 Mafft软件安装 2.2 主要参数介绍 2.3 序列比对原理 3. 不同多序列比对软件 案例操作： Ø 秀丽隐杆线虫trap-3蛋白在猪蛔虫蛋白组中的序列比对 Ø 多种线虫trap-3蛋白多序列比对 |
基因家族聚类分析 | 1. 基因家族鉴定的原理 2. 基因家族鉴定常用软件及其使用（以OrthoFinder使用教学为例） 案例操作： Ø 秀丽隐杆线虫、猪蛔虫、狗蛔虫1:1:1同源基因 Ø 秀丽隐杆线虫、猪蛔虫、狗蛔虫共有的基因家族韦恩图制作 |
基因富集分析 | 1. 基因富集分析基本原理 2. 基因注释数据库 3. 基因富集分析方法 3.1 方法分类 3.2 富集分析的冗余性问题 4. GO富集分析 案例操作： Ø 秀丽隐杆线虫目标基因的GO在线富集分析及结果解析 |
正选择分析 | 1. 正选择模型 1.1 Goldman-Yang Model 1.2 MG model 2. Codeml软件使用 2.1 Branch / Site / Branch site model 2.2 control文件配置及参数说明 2.3 序列预处理 2.4 树文件选择标注 2.5 不同物种溶菌酶正选择计算 2.6 正选择结果矫正 3. Hyphy软件使用 3.1 Hyphy安装 3.2 Hyphy计算溶菌酶正选择 3.3 Hyphy与Codeml结果的对比 Ø 案例操作：不同物种溶菌酶正选择分析 |
泛基因组分析 | 1. 泛基因组的概念与介绍 1.1 泛基因组分析内容 1.1.1 泛基因组特征分析 1.1.2 变异检测 1.1.3 新基因鉴定 1.1.4 演化分析 1.1.5 非编码区差异分析 1.1.6 调控网络构建 2. 泛基因组数据库 3. 泛基因组构建方法 3.1 Roary使用 3.1.1 Roray安装 3.1.2 具体参数介绍 3.1.3 泛基因组构建 3.1.4 下游分析及可视化 Ø 案例操作：针对S.typhi CT18构建泛基因组 |
共线性分析 | 1. 共线性的概念及介绍 2. 基因组共线性比对常用工具介绍（以MScanX 使用教学为例） 2.1 MCScanX的安装与配置 2.2 拟南芥单一物种共线性分析 2.3 拟南芥与葡萄共线性分析 2.4 下游分析及可视化 |
基因树及物种树构建 | 1. 分子演化的基本概念及原理 2. 系统发育树及构建系统发育树的方法 3. 构建系统发育树软件和注意事项 3.1 Iqtree 使用 3.1.1 参数说明 3.1.2 序列预处理 3.1.3 多线虫trap-3基因树构建 3.1.4 多线虫物种树构建 3.1.5 基因树与物种树比较 3.2 PhyML 使用 3.2.1 参数说明 3.2.2 多线虫trap-3基因树构建 Ø 案例操作：多种线虫的基因树和物种树构建 |
经典比较基因组学文献解读分享 | 1. Proceedings of the National Academy of Sciences 114.5 (2017): 1081-1086. 2. Molecular Biology and Evolution 39.11 (2022): msac230. |
案例图示
向下滑动查看
培
训
讲
师
由中科院博士后，博士毕业于中科院院士团队。近五年发表SCI论文多篇，主持和参与国家级，省部级自然科学基金项目多项。拥有多年高通量基因组大数据分析经验，主要擅长运用比较基因组学和分子演化方法进行基因组学分析。
报
究
费
用
每人￥4300元
（含报名费、培训费、资料费）
费用提供用于报销正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师索取会议邀请函；
增
值
服
务
1、凡报名学员将获得本次所学班的培训书本教材（或PPT课件）及随堂全部案例代码资料
2、凡报名学员培训结束可获得本次所学直播课程的全部无限次回放视频
3、价格优惠：
优惠一：2022年12月9日前报名并缴费可享受400元优惠（仅限前十名）；
优惠二：老客户参加或者推荐学员可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
4、学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的解答与指导；
5、参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《比较基因组学及分子进化分析应用工程师》专业技能结业证书；
联
系
方
式
（点击上方图片即刻了解更多药物王牌课程）