【帕诺米克文献分享】论一篇“有颜又有才”的文章应具备的几个素养
观您近期忧于投稿，许是欠一篇眉清目秀的文章，共谈风月，以解烦忧。值此良辰美景，何不一观美文？常言道，佳人最贵德才兼备，美文重在内外兼修——现如今，要在“凋亡”与“修饰”齐飞，“CAR-T”共“组学”一色的科研界做一篇奢华而格调的文章，需要具备哪些素养呢？让我们来品一品这篇2018年发表于Circulation（IF=23.054）的文章：Functional Metabolomics Characterizes a Key Role for N-Acetylneuraminic Acid in Coronary Artery Diseases。
图一
首先不得不提的就是，活跃在各刊首页的文章心照不宣的灵魂特质——思路。从本篇文章来说，就是：代谢组学筛选差异代谢物——靶向差异代谢物验证及定量——差异代谢物功能分析——差异代谢物功能验证——差异代谢物上下游通路机制验证—以机制为基础的疾病干预靶点验证。
层次清晰，泾渭分明，完美做到了临床基础相转化。不过相比于典型的“B to B”（Bedside-to-Bench）思路，本文可说是登高能赋，一系列统计学与模型严谨验证后，思路一转以药物抑制作用为接点，最后又做回了临床。纵览全文，由临床样本发现问题，分析推论后设计基础实验验证假设，假设验证后提出临床可干预的靶点，思路设计和文章构成一气呵成，风姿绰约。
再说“皮相”——实验设计。细数大牛们的高作，几乎每一个实验安排都是耐人寻味的。在本文中集中体现在精细的前后对照和严谨的推论验证。以几个细节为例：
关于对照：生物学实验大半灵魂都在于对照。狭义上关于每个实验中组别对照自不用说，关于文章中前后设计中的对照也是亮点。冠状动脉疾病并非特指某一种疾病，不难发现，在文章最开始，作者把冠状动脉疾病这一概念分为了五类：一般性冠状动脉疾病（normal coronary artery, NCA），非梗阻性冠状动脉粥样硬化（nonobstructive coronary atherosclerosis, NOCA）， 稳定性心绞痛（stable angina, SA），非稳定性心绞痛（unstable angina, UA），急性心肌梗死（acute myocardial infarction, AMI），在样本收集分析中细致的做了两两比对分析，平行到生物学模型中，细胞模型是标准的新生大鼠原代心肌细胞（Primary neonatal rat ventricular myocytes，NRVMs），而动物造模选用了两种：异丙肾上腺素（Isoprenaline，Iso）造模，和结扎手术造模。两者本质上都是急性心肌缺血的造模方式，那么是否有必要同时使用两种模型呢？有。严谨说来，作者的归类依据是疾病进程和严重程度，所以对应到模型使用中，也应有所体现。药物造模相比手术造模方法简单，但随时间、代谢因素影响，缺血状态会恢复，一般作为简单心肌缺血模型，可对应轻度疾病进程。而正式由于这一严谨的模型对照，才有了在神经氨酸苷酶敲除实验中两个模型的差异的结果（图二）。
图二
关于推论与验证：初初看来，行文进程一环扣一环，看似所有结果都是水到渠成，实则……实验的曲折都写在supplement里，每一个下一步都是在否定了所有可能之后才进行的。信号路径千万条，“ROCK”并不是自己跳出来的，而是因为“rapamycin, calcium/calmodulin ways dependent protein kinase II, Toll-like receptor 4, andNLR family, pyrin domain-containing 3 signaling pathways”都走不通（图三）。
图三
至此，我们不难看到一篇优秀文章的“骨与形”中值得钦佩特性。可，就是有一种文章，不但惊才艳绝，还不矜不伐。在寻常人看来思路非常严谨结果非常优秀的作者,在讨论部分，严肃的讲述了自己6点不足，而第一点居然没有把唾液酸其他构造型别的功能研究都做出来……
路漫漫其修远兮……愿每一位科研人士今后的道路上都不缺这样一篇美文，也希望代谢组学能像这篇美文中的出现方式一样，成为您投稿路上一封漂亮的“cover letter”。
参考文献：
[1] Lei Z., Ting T.W., Yong L.et al. Functional Metabolomics Characterizes a Key Role for N-Acetylneuraminic Acid in Coronary Artery Diseases[J]. Circulation.2018:137, 1374–1390
[2] Flego, D., Liuzzo, G., Weyand, C. M. et al. Adaptive Immunity Dysregulation in Acute Coronary Syndromes: From Cellular and Molecular Basis to Clinical Implications[J].J Am Coll Cardiol. 2016:68, 2107-2117.
[3] Salt, I. P. & Hardie, D. G. AMP-Activated Protein Kinase: An Ubiquitous Signaling Pathway With Key Roles in the Cardiovascular System, Circulation research. 2017: 120, 1825-1841.
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