科研论文作图之ImageJ
各位读者朋友们又见面了，今天给大家介绍一款图片处理软件——ImageJ，这是一款免费的科学图像分析工具，广泛应用于生物学研究领域。ImageJ软件能够对图像进行缩放、旋转、扭曲、模糊等处理，也可计算选定区域内分析对象的一系列几何特征，包括长度、角度、周长、面积、长轴、短轴等等。更重要的是ImageJ的处理结果受到各种杂志的广泛认可，不会出现造假的问题。下面介绍ImageJ的常用功能。（软件下载链接：https://en.softonic.com/download/imagej/windows/post-download）
软件下载解压后可直接使用，还是先看一下ImageJ的界面，非常简洁明了，有多种图形和文字处理工具，可谓麻雀虽小五脏俱全。下面还是举例说明软件的常用功能。
单击菜单【File】→【Open】打开图像文件，以大兴机场图片（中间为原始图片）为例，对图像进行4种基本处理，操作如下：
a. 平滑处理：单击菜单【Process】→【Smooth】，单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式（左）；
b. 锐化处理：单击菜单【Process】→【Sharpen】，单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式（右）；
c. 改变图像类型：单击菜单【Image】→【Type】→选择图像类型（图中为8-bit）单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式（上）；
d. 色彩平衡：单击菜单【Image】→【Ajust】→【Color Balance】，单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式（下）。
除了上述处理之外，ImageJ还能对图像进行旋转、缩放等操作，读者可一一尝试，在此不再赘述。
ImageJ能够很方便地记录图片上的粒子个数，如细胞、病斑、孢子等等，下面以人体红细胞图片为例说明计数方法。
a. 改变图像模式，打开图片，单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】，将图片转化成8位的灰度图；
b. 调整图片对比度，单击菜单【Image】→【Ajust】→【Brightness/Contrast】，将图片调整到合适的对比度，这里用了Auto来自动调整；
c. （可选）若图片背景为黑色，则可单击菜单【Edit】→【Invert】，将图片变为白底；
d. 由于计数时只需要黑白两种颜色，单击菜单【Image】→【Ajust】→【Threthold】，用阈值算法将颜色合并来调整，这里也用了Auto来自动调整；
e. 得到上述图片后，先要确定图片中粒子大小，这里小编介绍一种简单办法，单击菜单【Analyze】→【Measure Panicles】，将粒子大小设置为1进行预计算，得到平均粒子大小186.7，然后以这个数值作为粒子大小重新计数，就能得到比较准确的粒子数目了。
ImageJ另外一个重要的功能是条带灰度值分析（DNA或Western Blot条带），下面讲解具体做法。
a. 打开条带图片，单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】，将图片转化成8位的灰度图；
b. 矩形工具选择要分析的条带，单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select First Lane】，选中后矩形框内会出现1的符号；
c. 单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Plot Lanes】，得到初始峰图；
d. 用工具栏中的直线工具将峰图下方封口，使其成为几个独立的区域，用魔棒工具分别点击这几个独立的区域，得到最后的灰度值统计结果;
e. 测量多个条带的灰度值，可拖动图中的矩形框，选中下一行条带，单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select Next Lane】，选中所有条带后，同样使用直线工具封口，魔棒工具点击各区域得到面积，即灰度值；
f. 对数据做归一化处理，这里由于16-20为对照，分别用1-15每个条带的灰度值除以相应的对照，得到归一化的灰度值；
g. 最后在excel中整理数据，并在Prism中画出相应的柱状图。（关于Prism的使用，请参看科研论文作图之Graphpad Prism）
ImageJ的图片导出十分简单，单击菜单【File】→【Save As】，有Tiff, Gif, Png等各种常用的图片格式，读者可根据需要自行选择。
好了，ImageJ的使用就给大家带来到这，另外给大家提供一个视频教程：http://xy.bioon.com/course_video/Image-J-kuai-su-ru-men-ji-ji-ben-cao761484.html