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一盏茶一篇meta(二)—SNP系列,检索式

2016-05-13 猴哥 弗雷赛斯

猴哥回来啦O(∩_∩)O^在上一期(点这里中,大家看到猴哥在视频中是怎么操作SNP META的啦,有木有好奇是怎样做到的?本期,我们开始走第二步:

SNPmeta分析系列


 第二步


我爱你,meta




对于meta分析,地球人都知道。文章短平快,毕业晋升法宝。大仙喜欢,屌丝热爱,泡妞和转博之利器,居家必备之良药。我们越过PCR,穿过western,跨过奔腾的“组织细胞”,宽广美丽的meta正等着你。。。。。。

 


 第三步


找个好老师


话说“师傅领进门,修行在个人”。如果有老师指点一下,或者和老师结伴而行做meta,一定会事半功倍。老师指点选题,老师指点检索,老师指点资料提取表,老师指点质量评价。。。带着做一篇,就全都会了啊。。。

基因多态性(SNP)的meta分析是最简单的meta分析。哪里简单了,“猴哥”,别瞎说。。。

 


 第四步



SNPmeta分析最最最基础知识


4.1什么是SNP?
基因多态性是指在一个生物群体中,同时或经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型或等位基因,包括DNA片段长度多态性、DNA重复序列多态性、单核苷酸多态性三类。单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)是最常见的一种,为散在的单个碱基的不同,包括单个碱基的插入、缺失以及置换,在患某疾病的人群中,出现一个频率较高的某等位基因或基因型SNP,则意味着此疾病的患病风险可能会增加。DNA中出现了叛徒,叛变了革命(置换),或换上了伪装,深入到敌后(插入),又或者是被敌人发现后杀害了(缺失),你这个叛徒。

 




4.2  SNPmeta分析能干些啥?
什么都能干。SNP可以是某个疾病的病因、危险因素,也可以做为肿瘤标记物、生物标记物诊断某疾病,也可以评估治疗效果,判断某个药物的不良反应,也可以判断某肿瘤的生存和预后。基本上,病因、诊断、治疗、预后四项全能冠军,所以写的人超多,不行,你看(看不清?点开看大图啦)。
基因多态性检索式




Meta分析检索式

 


 


第五步



选个基因检索


5.1  以肿瘤学专业目前最最最火热的基因PD-1为例进行讲解,先走两步,走,走起。。。选个基因检索检索



点链接也可以哦   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/?term=pd-1


5.2  PD-1的位点和真名,突变位点




5.3  PD-1真名是PDCD1,它的小名呢?--在gene里面找哦




 

以上就是前五步,选择基因,一定要根据自己的专业来选择哦,这样才能事半功倍。如果不会选择的话,那也好办,就像“超级女声”一样进行海选哦。
如何海选呢,请看第六步海选基因(超级女声)


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