查看原文
其他

“菜鸟”Meta分析的学习体验

2017-01-21 基因姑娘GeneGirl 弗雷赛斯

Meta分析,中文“荟萃分析”,是对具有相同研究目的多个独立研究结果进行系统分析、定量综合的一种研究方法。



如果你是一个医学生,上面的这张图应该不陌生吧,在循证医学的课堂上,老师没少唠叨过。没想到,不久的将来,也就是现在,又见面了(默哀3秒)…

老板要小编完成一篇Mate分析的文章,并帮助小编选了疾病和基因。小编当时一脸懵逼,要知道,看一篇paper都要一个礼拜啊。想要自学成才,可想小编心理阴影面积有多大。


 Meta分析为何物?


既然要写meta,第一步自然是要知道别人发表的meta paper长什么样啊。。。

精读几篇Meta分析的英文paper是必不可少的。




通过对Meta分析paper的学习,小编对该研究的方法和思路有了明确认识(问我认识是如何产生的,把你看的3-5篇meta分析paper的每一句话、每一个段落结构、每一个组成部分都仔细分析,找这类paper的必需元素)。


原始paper和数据的搜集


在老板的指导下,开始在查阅大量文献的基础上搜集相关数据。原本以为的一个简单过程,竟然把小编搞的“痛不欲生”。

曾经选好的基因由于各种原因经历了在数据海洋中打捞、整理后一个个被Pass掉,那时觉得理想的结果真是遥遥无期,文章更加遥不可及,一次次欣喜-沮丧-失望交织在心头,最后化成一份凄凉的坚守。

整理了几次失败的数据后,小编脑洞大开,眼疾手快,能迅速地从各种数据库中查找到大量文献,并提取到下面相关信息。



直到新的差强人意的数据成形,整理数据的工作暂告一段落(为了便于后期数据分析,记得把数据整理到EXCEL表格里,这样就比较直观了)




数据整理结束,仅是完成了Meta分析的一小步,接下来要对数据进行分析。小编是一个电脑菜鸟,更是一个软件超级菜鸟,但是,为了满足当前数据分析的需要,开始接触进行Meta 分析的相关软件Stata




为了学习Stata, 小编也是费尽心机,查找了各种文献,翻遍了各种网站丁香园、小木虫、生物谷、知乎等都可以是你学习的好地方),从一次次尝试中,慢慢将Stata的命令补充完整并分析出了结果。

一般分析数据的顺序如下:

哈迪温伯格检验:检测该对照组群体基因型是否符合遗传规律,若不符合,排除该组群体。




森林图:简单和直观地描述Meta分析统计结果。




发表偏倚检验:通过点的离散及统计数值,识别和控制发表偏倚。



敏感性分析:发现影响Meta结果的主要因素,检验合并结果的稳定性与否。




在使用Stata分析数据的过程中,小编遇到了各种问题,并且几乎在每个过程中都遇到了问题。小编一次次步入解决新问题的探索之路…HWE检验、森林图、漏斗图、敏感性分析图,小编从一个坑爬出来又掉到另一个坑,直到最后彻底爬出来,小编要哭了!

整个过程也算是真正体验了“”真谛。每次敲下回车键,看到结果前的那一刹那,紧张、兴奋、恐惧引起的肾上腺素分泌升高、心跳加快的感觉除非身临其境者才能体会。



后记

Meta分析作为一种研究方法,被越来越多的人所认识、运用。对于初学Meta 分析的研究者而言,不彻底走一回,你是无法体会其中。

光是森林图、漏斗图、发表偏倚、亚组分析、敏感性分析、meta回归;各种软件Revman、Stata等等,想要找到通往发表paper的大门,就够你哭好多回。

But,当你触摸到那扇们,一脚踹进去,其他一切皆是浮云。软件嘛,也不过就是工具罢了。


看到小编纠结的过程,即将开始探索Meta分析的你们会作何感想?

为了能够让大家少走弯路,快速高效地学习到Meta分析的相关知识,基因Weekend后期会推送相关内容,记得关注哦。


基因Weekend:是由国家中组部青年“千人计划”专家团队发起,每周六更新。用最通俗易懂的语言告诉你基因与健康的故事(心血管疾病、皮肤美容、骨&泌尿、代谢消化、神经行为、孕产儿童系列、运动营养系列,你想要的,都会给你);采用视频教学手把手教你如何一步步学习遗传学分析相关软件(PLINK、Stata、R语言、GMDR);带你思考基因与哲学(原创科幻、看电影、聊科学)。


Freescience精彩内容回顾(点击即达)



论文信号通路图,模式图,全搞定 | 谷歌不能上?有这个,一劳永逸 | 临床统计傻瓜式解决 | 外文写作润色神器 | 不花钱下载SCI全文黄金攻略! |  PubMed有哪些被你忽视的细节? | SCI文献管理之黄金攻略!| 卸载Visio—超赞的在线流程图制作工具 | 论文查重!关键是不要钱!| 神器!分分钟找到高质量的目标文献!|生存分析从理解到作图妥妥的 | 科研作图神器GraphPad |菜鸟写国自然-4:立项依据的写作 | 零基础不一样的实验protocol:开篇引言 | 引物设计?现成的随便拿啦!| 实验技能:小鼠尾静脉注射 | Western百败百战老学姐的心酸笔记|零基础Meta系列(十):一般套路(纯干货)一盏茶一篇meta(四)—SNP Meta,数据库寻找靶基因|网状meta分析(NMA)-第一卷基本技能 | 段子手韩春雨老师 | 不得不扒的女神--胡海岚 |扒一扒你所不知道的浙大PMCB团队(内嵌新春大红包!)实例讲解:基因数据库的利用(二)| 生物医学大数据解读和分析——构建生物网络实践




科研路,不孤单!^ ^

Freescience医学科研联盟全国火热招募ing

50家高校及医院的小伙伴已经加入啦,点这里

Bioart/Freescience科研沙龙,详情进入沙龙QQ群,点这里(进入后,扫底部二维码)

FS科研软件库,集合60+医学科研必备神器,现在统统打包分享点这里

有质、有趣的科研问答平台—研论(点此进入


您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存