【学习笔记】GEO数据库--检索界面及检索结果简介

GEO数据库--检索界面及检索结果简介

1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。

WoW介么厉害，关键是这个数据是免费的！免费的！免费的！重要的事说三遍。这么想一想世界还是很美好的。

2、那GEO数据库有哪些检索入口呢？

最常用的有两种方式，一种是通过网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接进入，另外一种就是通过pubmed入口啦。

接下来咱们就进入正题。PS：前方多图预警

1、GEO数据库最常用的入口当然是PUBMED入口啦，简单粗暴。

2、那么首先我们先来介绍一下数据库检索界面的基本信息：

和pubmed一样，GEO数据库界面主要包括检索框、检索结果列表、检索结果限定选项、检索记录信息，等（点开大图有惊喜）

上图左侧就是检索结果限定选项，想要准确地找到需要的数据，限定条件很重要哦~

2.1限定数据记录类型：首先数据导入类型主要分为四种：datasets、series、samples和platforms，可根据自己的需要选择，最常用的是series数据集显示格式

2.2限定检测类型：要注意的是不同的实验检测类型不一样，比如DNA、mRNA、SNP、甲基化等等，在检索时就要结合自己的实验设计选择相应的检测类型。

2.3限定作者：当想要检索某一个具体研究者发表的文章相应的数据资料时，就可以在这里ADD作者的名字来精确检索啦。

2.4限定物种来源：在选择限定条件时，还有很重要的一项就是选择检测样本的物种来源，比如人、小鼠、家兔、犬等等。

2.5限定层次类型：除了不同的物种外，如果想要查找某一层面基因表达的数据时，比如组织、细胞等等，在这里ADD想要的type就行。

3、那接下来我们就以关键词为endometriosis，筛选条件为series 检测类型为expression profilingby arry 物种为homo sapiens 为例简单介绍一下检索结果界面的解读。

看到这个检索结果页面是不是觉得还是无从下手呢?不要急，下面几张图告诉你原来真的 so easy

下面是检索结果列表的基本信息

好啦，这次就说这么多了，下次我们再来谈一谈GEO数据的组织方式和具体含义。

(写不出来了，我得自己先去再好好学一学（>_<）)

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