你真的会用PubMed吗？

利用PubMed来搜索文献是科研狗必备技能，但用了这么久的PubMed，你真的会用吗？你知道PubMed究竟是如何诞生的吗？看完以上这张图，你现在知道PubMed和MEDLINE之间又是什么关系了吗？

NLM（美国国立医学图书馆）创立了MEDLINE（美国生物医学文献数据库），该数据库目前可以说是国际上最权威的生物医学文摘数据库。NLM于1988年创立了NCBI（美国国家生物技术信息中心），而NCBI在2000年开发了PubMed，也就是目前因特网上使用最广泛的生物医学文献免费检索系统。

不少同学PubMed和MEDLINE傻傻分不清楚，其实简单来说， PubMed包含的文献不局限于MEDLINE，还包括其他一些未被MEDLINE收录的文献。
PubMed收录的文献有4种状态标记：①PubMed-as supplied by publisher；②PubMed-in process；③PubMed-indexed for MEDLINE；④PubMed。下面这张图显示了这4种状态标记之间的关系。（注：之前的OLDMEDLINE现已全部被转成 indexed for MEDLINE）

   

2 智能匹配

在讲智能匹配之前，小编要先给大家科普一个概念：MeSH。 MeSH全称Medical Subject Headings，即医学主题词，是NLM编制的规范化主题词表，以它作为生物医学标引的依据以及建立MEDLINE数据库（只有被MEDLINE收录的文献才有MeSH词标引），在检索时，某些含义相近或不规范的用语都会被归为规范的MeSH词，因此用MeSH词检索可提高检索的准确性和全面性。

2.1智能匹配的优势

不知道同学们在检索PubMed的时候有没有发现， 当直接在首页的检索框输入检索词并且不加任何限定，检索出的文献会很多，这就是PubMed智能匹配的结果。小编用“renal failure”（肾衰竭）给大家举个例子：

• 在检索框输入“renal failure”并且不加任何限制

• 检索结果页面右侧的“search details”显示：

PubMed首先将“renal failure”转换成MeSH词“renal insufficiency”去查，可别小看一个MeSH词哦，通过这个MeSH词，PubMed自动扩展检索了Acute Kidney Injury、Acute Kidney Tubular Necsis、Cardio-Renal Syndrome、Chronic Renal Insufficiency、Chronic Kidney Failure、Frasier Syndrom各种不同类型的“renal insufficiency”，随后还将“renal insufficiency”、“failure failure”各自进行了AND检索和词组检索，有没有感觉很贴心？这样一来，查出的文献数量当然很多啦！

2.2 智能匹配的缺陷

智能匹配虽然查得比较全，但有时也会查出一些相关度较低甚至根本不相关的文献。

• 比如小编输入“single nucleotide”（单核苷酸）

• 再看“search details”：

PubMed居然自动匹配了“single person”这个MeSH词……醉了醉了~难道PubMed还关心小编是不是单身吗 (′▽`〃)。其实呢，出现这种情况多半是因为输入的词组没有相应的MeSH词匹配，这时PubMed会将词组拆开，对每个单词进行自动匹配，所以Single就匹配到“single person”（单身）这个MeSH词了，智能检索有时也是蠢萌蠢萌的~

2.3 智能匹配的自动关闭

智能匹配并不总会进行，当输入的检索词含有截词符*，精确匹配符””，连字符-，或者字段限定符[ ]，智能匹配就会自动关闭。

   

3 MeSH检索

为使检索更为精准，同学们可考虑使用MeSH检索。下面小编就带着大家一起操作。

3.1 MeSH检索的一般步骤

以“liver cancer”（肝癌）为例。

• 在基本检索框的PubMed下拉列表中选中“MeSH”→输入“liver cancer” →检索得多条结果→根据每条检索结果下方的解释，选择符合要求的条目点击进入（此处选择liver neoplasms）

• MeSH词下方显示副主题词（Subheadings），可按照检索要求与主题词搭配构建检索式→发送到“search builder” →完成检索

副主题词下方还有“Entry Terms”以及MeSH词的树状表。“Entry Terms”所列出的词表示，只要这些词被输入检索框，系统都会自动匹配到“liver neoplasms”这个MeSH词。而树状表列出了“liver neoplasms”的上位词和下位词，点击还可进一步查看。

3.2 查询不到MeSH词的检索方案

有时候根据以上步骤，直接输入检索词找不到对应的MeSH词，比如“tongue base cancer”（舌根癌），那怎么办呢？

别方别方~小编教你用上级概念的MeSH词 自由词解决此类问题。

• 首先可在基本检索框中输入“tongue base cancer”，字段限定在篇名

• 在检索页面左侧找到“Show additional filters”→勾选“Journal categories” →点击“Show”

• 此时页面左侧已显示“journal categories”→勾选“MEDLINE” →页面刷新后显示的所有的结果均为MEDLINE标引好的文献。

为什么要这么做呢？还记得小编之前说过只有被MEDLINE收录且标引好的文献才有MeSH词吗？因此，小编这么大费周折就是为了找出在MEDLINE里面和“tongue base cancer”高度相关的文章，这样一来，任意选择一篇都能找到文章中的MeSH词，选择与“tongue base cancer”最接近的上位MeSH词“tongue neoplasms”，并结合tongue base进行AND检索。

千万不要忘记输入“AND tongue base”哦，这样才能从“舌肿瘤”研究的文献中把同时论及“舌根”的文章提取出来。

3.3 自由词查询最新文献

MeSH检索虽然很强大，但最新的文献用MeSH词是检索不到的！！！因为标引MeSH词需要一定的时间，当最新的文献还处于“PubMed - as supplied by publisher”或者“PubMed – in process”的状态时，未标引MeSH词当然就检索不到啦。

所以若想查全最新文献，可在MeSH检索的基础上，在PubMed输入自由词进行检索，时间限定在近半年。（ps：所谓自由词是与规范的MeSH词相对而言的，可以认为是输入检索框的任意词）。例如：

小编在此要特别提醒大家， 自由词检索时应将尽可能将想到的同义词都放入检索式，如“cancer”“tumor”“carcinoma”“lymphoma”……，并且一定要记得将之前在MeSH检索选定的“Journal categories”的MEDLINE勾掉呀！！！不然搜来搜去还是在MEDLINE里面搜……

啰啰嗦嗦说了这么多，也许一时半会儿同学们未必都能记住，但是呢，小编想告诉大家， 文献检索是一个不断练习，不断修正，不断提升的过程。同学们每次在检索框输入检索式后，当发现检索结果不理想时应主动查看“search details”，根据“search details”显示的内容，结合要检索的课题仔细分析，思考下一步应如何优化检索策略。 在遇到不懂的问题时，除了请教身边的老师或者朋友，也可以多看看网站上的“help”，也许你要的答案就在这里哦~PubMed很强大，但只有真正用好它，才能助我们的科研一臂之力。

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本文改编自：复旦研究生

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