专题 | 生物信息学之初学者（二）

生物信息学对于好多人来说基本是陌生的，对于这种交叉学科，不管是我们生物狗，还是其他专业都需要多花一些精力和时间。今天推出生信入门第2期，来方便初学者。

回顾上一次主要讲了比对的一些基本原理在一代测序中的应用，这是最基础的部分，这次我先不讲二代，因为二代就是Linux 命令敲代码，好多人可能一下子接受不了。这次主要讲生信领域中的网络资源。

生信分析也可以称为大数据分析，而提大数据那就可以进一步延伸到数据库了，不断地数据积累做成了数据库，其中大家最熟悉的就是NCBI了。那么了解这些数据库的用法，挖取对自己有用的数据那便成了关键。因此对于生信初学者首先要认识的就是我要知道有哪些数据库，如何去用。

罗静初老师之前介绍了一个网站abcbioinformatic(http://abc.cbi.pku.edu.cn/),里面介绍了好多初学者需要了解的网站。对于生物信息学我们初学者应该就像这网站名，要从abc一点一滴开始去学习。

这里列出几个重要的网站，希望大家能够去了解：

1、NCBI：工具集+数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、EBI：工具集+数据集：http://www.ebi.ac.uk/services

3、ExPASy：工具集：http://www.expasy.org/

4、Omics Tools：工具集：https://omictools.com/

5、CBS ：工具集：http://www.cbs.dtu.dk/services/

6、CABRI：工具集：http://www.cabri.org/

7、SMA：工具集：http://www.bioinformatics.org/sms2/index.html

8、Ensemble：工具集+数据集：http://asia.ensembl.org/index.html

9、Softberry：工具集：http://linux1.softberry.com/berry.phtml

每个网站都有自己的特点，从资源上来说含金量都非常高。每当我们遇到问题最开始就应该知道有这些网站我们可以去查，而且更重要的是还要熟悉这些网站的用法。

那么如何来熟悉网站用法？如何使用在线工具（避开敲Linux代码）？这对于我们入门至关重要！

我认为学会使用一个东西必须要边看边动手，应该带着问题去解决，去学习！

举个例子，一篇做基因家族分析的文章，首先他说从NCBI找到了300已知的MAPKKK基因家族成员，把他下载下来了。这一句话虽然简单，但这里面需要我们学习的很多，如果我们要模仿他做，那么我们就想这些已知的是如何在NCBI 中下到的，我们就去查，查到可以在nucleotide数据库中下到我们就输入MAPKKK结果出来了一大堆，如果是做植物的我们就只过滤植物的，加一步过滤选项，结果就OK 了，在这个过程中我们学会了如何使用NCBI 的nucleotide数据库，而不是漫无目的的看这个数据库的用法，总之我们要按需来学习，多去实战，边做边学，我们会进步很快。

还有我们要做结构域预测，文献中说是这两个网站：

1. Pfam:http://pfam.xfam.org/

2.CDD：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

那么我们就挑个序列上去把玩把玩，用不了多少时间我们就搞明白了用法，理解了结果，这样我们后面批量操作本地版本的结构域预测软件就容易了，知道如何输入输出，如何设置参数。

另外就是好多初学者不知道用什么工具分析，或者就是相同的工具有好多个不知道选用哪个，这个需要根据你的研究目的来选择，因为每个工具都有他侧重的一面，建议大家看最新发的工具，往往他会有跟前面工具的对比，顺便提到各工具的适用性。

更多知识，可以点击“阅读原文”到生信人论坛和大家一起讨论成长。

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