生信学习革命| 火山图绘制工具

也许，在看到本篇推文前，你压根就没有听说过生信，或者想学都一直找不到方法。不过你一点都不用担心，就按着生信工具开发思路（点这里），你自然就会懂的，在之前我们逐步减少了以下工具：

今天，我们来介绍生信人三号，本工具将专门用来绘制火山图，就是文章里这样的图：

了解下什么是火山图：

首先，我们要注意两个重要概念，FDR：在差异表达分析过程中，采用统计学方法对原有假设检验得到的显著性p值（p-value）进行校正，并最终采用校正后的p值，即FDR（False Discovery Rate），是表示FC是否有统计学差异的变量。FC（Fold Change）是两样品（组）间表达量的比值，是表示差异量的变量。因为两者都很重要，因为如果差异量大如果没有统计学意义也没有卵用，相反，如果两样本某个基因量差的很多且统计学差异很强，那就是我们要找的那个有意义的基因了。所以就出现了火山图（Volcano Plot），它可以直观地展现所有基因的FDR与Fold Change之间的关系，以便快速查看基因在两组样品间的表达水平差异程度和其统计学显著性。

本小工具可以自由定制颜色，横轴纵轴的最大最小值，导出发表级的图片。

软件输入只需两列，一列为foldchang（有没有做log2转换即可），一列为p值（有没有log皆可）

软件界面如下：

导出PDF结果如下：

火山图绘制工具下载链接：http://gap.shengxin.ren/tool/5/（点击阅读原文前往下载）

1、首先我们选择一套GEO数据集GSEXXXX,然后使用GEO2R的在线工具（或者使用生信人的差异分析小工具*看这里：如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析）筛选差异表达基因，我们将得到所有基因的差异表达情况，比如GEO2R输出的GEO2R processing request....txt文件。

文件格式：

2、打开火山图绘制工具软件

3、导入数据点击绘制

4、改改颜色，改改CutFC或者CutPvalue，还有X,Y轴的最大最小值，反正都可以试一下

5、导出PDF,就好了，最终结果如下：

生信人

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生信人团队组建于2014年，由老祝，鑫仔，helen等组建，他们都来自同一个学校：哈尔滨医科大学，更来自同一个寝室，他们是国内最早一批专攻生物信息学专业的学生，他们希望能最大限度降低生信学习门槛，开发一系列零编程的可视化软件，助力医学科研。

戳戳图片↓↓，你就知道

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