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干货 !如何智能地整理一大堆文献

2016-03-21 nerfing大大 弗雷赛斯
在我看来,整理文献的主要目的是:

在任何条件下,快速找到所需信息。

任何好用的软件,都不如大批量多批次的文献阅读。

我的思路是:
轻整理重搜索

轻整理,是指不对文献分类,或者只是对文献简单分类。重搜索,是指利用不同的搜索工具,快速定位到我需要的文献。

在日常使用中, 除了在文献PDF上直接标注,我很少用其他的软件去记录我看过的文献。因为除了文献本身,其他还有什么载体能够那么直接方便地记录呢?

所以整理文献问题就成了:如何快速找出那篇有我笔记的PDF文献。

以此为目的,我建立了一套以文献PDF云同步为基础,辅以大量搜索工具的文献整理方案。

我现在的主要方法:

以Mendeley建立电子文献索引为主,并以云端同步PDF文献为主要储存手段,通过Everything,Google Scholar,桌面搜索软件,Onenote笔记等多种搜索手段,快速找到自己所要的信息。

干货开始

重搜索

在新项目(写一篇综述,开始一个新课题或者完成一份大作业)之前,我会在Mendeley中根据不同项目,建立一个新文件夹。

一个项目刚开始的时候,首先建立一份本地的文献原始积累。我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献。比如我现在想看一下微流控单细胞测序(microfluidic single cell sequencing)最近的进展时,就去WoS搜。


将所有文献的题目全部浏览一遍,下载需要关注的文献,阅读标注后,将有价值的PDF文献,拖进Mendeley,建立原始的文献积累。

Mendeley会自动提取文献信息,按照文献的发表年份,期刊,和文章题目将文献重命名,并将该文献自动整理到指定文件夹中,完成文献的原始积累。(这也是mendeley相较于endnote等其他的文献整理软件而言,所具备的最大优势)

我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用dropbox同步。之后我要看文献时,只从这个文件夹中打开文献。这样做的好处就是,把所有的文献和笔记信息全部集中化了,不会造成信息碎片。


我看一篇文献,除了一些世界上的顶尖超级大牛,一般记不住作者的名字,但是我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象。而且一般题目又提供了文章中最主要的信息

所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息:

1 发表年,发表期刊,和文章题目自动重命名,并结合everything,在本地实现文献的第一重搜索。

2 如果搜索目标很明确,比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的文章,由于关键词很明确,用Everything直接就从本地找到了,耗时不超过3秒。

3 如果搜索目标不那么明确,比如 “总感觉有些文献读过就忘记了,想用的时候想不起来”;或者找找一些特定的问题,不确定本地文献有没有。这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入,上Google Scholar搜索。(什么!国内科研汪没法上Google scholar?哼哼╭(╯^╰)╮还记得那些年freescience推过的新技能系列嘛~~~点击“新技能get”一栏查看往期推送,谷歌不能用还是能一劳永逸!


这个时候,可能会找到一些文献在本地是有的,那就可以根据文献名,用Everything快速在本地找到对应的文献。

如果一些文献本地没有,那就直接下载PDF,阅读后在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句话,或者在写文章的时候想对一些说法进行佐证,就可以用Mendeley的搜索工具,或者还是上Google Scholar。


轻整理

我一般会在平时读文献的时候,根据一个项目下的不同问题,建立一些小的分类。在Mendeley中,同一篇文献是可以归属不同的文件夹的,所以在归文件夹的时候也不用那么纠结。


最后,我想说的是,任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读,任何时候读文献中信息永远是第一位的。整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息,仅此而已。



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