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生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

2017-06-22 孙海汐 生信宝典

我是谁?我在哪儿?我在查什么?

在信息爆炸的时代,相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具,助你事半功倍,心情倍儿爽。

EVEX在线查询数据库(http://evexdb.org/)是一款以基因为检索对象,以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘(text mining)数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下:

以小鼠Oct4基因为例,想知道与Oct4相互作用的基因有哪些?只需在EVEX上搜索到小鼠Oct4基因。

点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因,包括被Oct4调节的71个基因、能够调节Oct480个基因、与Oct4有结合的133个基因、以及与Oct4共同参与调节的1336个基因。

以第一类为例,点开之后可以看到具体的被Oct4调节的基因,以及Confidence最高的支持这一调节关系的原文。

Oct4调节Nanog为例,点击Show more之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。

此外,EVEX数据库还可以同时检索两个基因,这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的Oct4Nanog为例:点击Show interactions之后可以看到Oct4Nanog之间的各种调节关系。可以直接查看,也可以导入Cytoscape绘制调控网络图。(后台回复 cytoscape 可获取对应文章)

最后,重要的事情说三遍:一定要去看原文,一定要去看原文一定要去看原文。文本挖掘是机器读取的结果,而EVEX也不是AlphaGo。因此难免会出错。EVEX只是一个基因功能查询工具,最终下结论的人还是你。

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