测序数据可视化 （三） - UCSC genomebrowser

UCSC 在线基因组浏览器也可用来查看基因组数据，并且其上收集了ENCODE数据，重复序列数据，物种保守信息数据，MOTIF分布等信息，对于我们在公共数据中在线查看特定区域和基因的表达、修饰、保守性情况有很大的便利。

相比于其它基因组浏览器，UCSC genomebrowser的一个特色是可以展示Track overlay，即把多个Track堆叠到一起，从而直观的看到峰的高和第，比如把ChIP的数据和Input的数据叠在一起，就可以看到ChIP富集的区域；把不同样品的表达数据叠在一起，就可以查看基因表达的高低。

另外，在UCSC genomebrowser中进行的操作都会保存在当前的URL （浏览器中输入网址信息的输入框中的文本）中，可以分享给别人打开查看。

如果想在UCSC genomebrowser中加载自己的Track，可以把自己处理的bam文件放在一个外部可以访问的服务器上，点击Add custom tracks 或Track hub 然后输入对应的访问网址就可以。

UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件，方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑，操作如下：

具体Trackhub的配置和UCSC genomebrowser的本地安装见原文链接http://blog.genesino.com/2013/04/install-ucsc-locally/。