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参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

2017-09-08 陈同 生信宝典

问题来源

这个问题最初是在实验室的老人们毕业时出现的,毕业论文写好了,交到导师那,被打回来,杂志名字的缩写不统一,有简写,有全称,简写有的加点了,有的没加。然后就是一顿核对、修改,怪自己太相信Endnote了。老人们毕业了后,千叮咛,万嘱咐,这个一定要注意,改着累眼。后来在看合作者的文章时,也确实发现了这一问题的普遍存在。

想想Endnote应该不能这么弱智吧,向来都用这个工具,怎么就冷不丁出了问题。

于是依靠万能的谷歌,开始搜索,在根据搜索获得的内容,不停替换关键字,最后找到了原因和解决方案,并实践做了修改和补充,记录如下。

Endnote在获取参考文献时由于来源不同,有时我们会用PubMed,有时在官网导入,或从PDF直接导入,最后捕获的杂志名称格式也不同,有时为全称,有时为不加点的缩写,有时为加点的缩写。虽然Endnote的output style可以设置使用什么格式的杂志名字。但因为输入时的名字的不匹配,使得Endnote无法完成转换,最后输出的只能是原始存入的名字,这在插入引用时就造成了麻烦,使得论文中参考文献来源的杂志名字不统一。而这一点,不能单纯的通过修改Endnote-output style来解决。而是需要整理一个杂志名字对照表,保证任何存入的名字,不管什么古怪的格式,都能索引到它的正式的名字,这样就可以通过在output style中选择全名、加点的缩写、不加点的缩写来实现杂志名字的统一配置。

配置方案

  1. 下载杂志的名字及其缩写表 (https://www.library.uq.edu.au/faqs/endnote/medical_2010.txt)

  2. medical_2010.txt的文字复制为两份,第二份中用第3列替换第一列,然后合并到原文件。Endnote会利用第一列的杂志名去跟其自动获取的杂志名字去匹配(也就是说第一列是索引列,任何稀奇古怪的杂志名字在第一列都得有匹配,才能保证引用正确),从而关联上这些杂志名字的全名和缩写名(文件的2,3,4列)。因为前面提到Endnote获取杂志名时有时是全名,有时是缩写,因此索引列要包含的不同类型的名字足够多,这也就是这一步操作的目的

  3. 或者跳过前两步使用我整理的名字和缩写表 (下载地址 http://pan.baidu.com/s/1i5637tr)

  4. medical_2010.txt没收录你关注的杂志,可自行添加,具体见补充方案。(杂志缩写加点的原则是:缩写词后加点,非缩写词不加点)

  5. 打开endnote - tools - open term lists  - journal term list,在打开的对话框中选择journals并且点击Delete List

  6. 然后点击create list,在弹出框中输入Journals (注意大小写),勾选单选框(Journal list),点击OK

  7. 点击Import List—选择刚才修改过的medial_2010.txt导入

  8. 防止自动更新:菜单edit - Preferences - Term Lists - 不选择Update list when importing or pasting references

  9. 更新文献,一切安好,获得晴天

补充方案

假如在Endnote中你收录了一个文献没有包含在我们之前导入的文件中,它的Journal项名字为 Hootie and the Blowfish,它对应的缩写为Hoo and the Blow。那么你需要在medical_2010.txt中添加如下行,然后再次重复上述导入操作:

Hootie and the Blowfish         Hoo. and the Blow.        Hoo and the Blow        Hootie and the Blowfish

这四列分别表示 索引列杂志带点缩写列杂志无点缩写列杂志全称列。Endnote会拿其收录文献的Journal项的名字去我们导入的这个文件 的第一列去匹配,这也是为什么我们使用Journal项的名字作为第一列,然后去提取对应的杂志缩写列和全称列。

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