Plant Diversity┃构建维管植物进化树的通用免费软件升级啦！

贵州师范大学和美国伊利诺伊州立博物馆的研究人员升级了一款免费用于构建植物进化树的R语言软件包。该软件包最新版本包含的三个进化树中，有两个是基于全新的植物名称数据库——莱比锡维管植物目录数据库和世界植物数据库。

250 多年前，卡尔·林奈创建了现代植物分类；一个世纪后，查尔斯·达尔文提出所有物种都来自于一个共同的祖先的理论，并建立了“生命图谱”——基于生物个体之间相似性与差异性绘制出的生物间层级关系。从那时起，植物学和生态学领域的研究人员一直试图将植物间的关系映射到进化树上，以勾勒其进化轨迹。

维管植物是指通过维管组织在体內运输水分和养分的植物。世界上 357,000 种此类物种中只有大约 20% 被测序过。这致使很多的植物学家和生态学家需要依赖“巨树方法”来建立植物进化树，用其来反映物种之间的进化关系。

早在 2015 年，美国伊利诺伊州立博物馆的钱宏博士就萌生了创建生成植物进化树的软件包的想法，并与金毅博士合作先后开发出两个免费R语言软件包，一个用于种子植物（S.PhyloMaker )，一个用于维管植物 (V.PhyloMaker)。这两个软件包已被业内研究人员广泛使用。钱博士说：“该软件自推出以来被广泛应用，这表明该软件对于研究人员是有实用性的。”然而，这两个软件都存在着一个缺陷：“这两个软件包中所使用的进化树中的植物名称虽然来源于标准化的植物名录The Plant List（基本囊括了所有已知植物物种名称），但该名录自 2013 年至今未被更新过，也就是说这些信息就当前及未来的研究而言已经过时。考虑到最近推出的几个全球植物数据库，我们认为现在是更新原有软件的时候了，特别是V.PhyloMaker这个软件包 ”钱博士解释道。

图：截至2022 年 4 月 21 日Clarivate 的 ISI 科学网站数据显示每年使用 S.PHYLOMAKER / V.PHYLOMAKER 的出版论文数量

最近，金博士和钱博士在期刊Plant Diversity发表了一篇名为V.PhyloMaker2: An updated and enlarged R package that can generate very large phylogenies for vascular plants的文章，在文章中，金博士和钱博士介绍了V.PhyloMaker软件包的最新版本——V.PhyloMaker2：此升级版本在保留V.PhyloMaker中原有植物进化树的基础上，添加了基于两个新的植物术语数据库（莱比锡维管植物目录数据库和世界植物数据库）的进化树。钱博士指出：“V.PhyloMaker2可以产生基于最新植物名录的更完备的进化树，帮助研究人员生成更可靠的进化树，从而得出更精准的研究结果。”

文章标题：

V.PhyloMaker2: An updated and enlarged R package that can generate very large phylogenies for vascular plants

研究团队：Yi JIN & Hong Qian

文章路径：

https://doi.org/10.1016/j.pld.2022.05.005

期刊及主编介绍

Plant Diversity 是由中国科学院昆明植物研究所和中国植物学会共同主办的英文期刊。期刊专注于植物学学科的研究，坚持植物多样性的定位，突出区域特色：坚持立足青藏高原及其周边区域并面向全球。期刊主要刊发围绕植物多样性保护（含植物生态学）、以及相关研究的高质量论文。

期刊主编由中国科学院昆明植物研究所吴建强副所长担任。

2021 Impact Factor: 3.359，位列学科Q2区。

目前期刊已经被PubMed Central、SCIE、BOSIS、DOAJ、Scopus 等重要数据库收录。

吴建强 研究员

中国科学院昆明植物研究所研究员、博士生导师、课题组长

研究领域：

长期从事植物与昆虫互作以及植物与寄生植物互作的研究。在野生烟草、拟南芥和玉米等植物中，克隆了大量具有重要抗虫调控作用的基因，如SIPK、WIPK、CDPK4、CDPK5等，大大拓宽了人们对植物抗虫分子机制的了解，也为农作物抗虫育种提供了重要理论基础。以寄生植物菟丝子为研究对象，深入从基因组学、菟丝子与寄主间物质和信号交流、菟丝子的寄生生理等方面，进行了大量研究，为了解寄生植物的生理生态和进化提供了重要依据，对防控寄生性杂草也有重要意义。研究成果受到了国际同行的广泛关注。

学术成就及荣誉：

• 作为通讯作者，在PNAS、Nature Communications、Plant Cell、Molecular Plant、Plant Physiology、Plant Journal、New Phytologist、Annual Review of Genetics等重要期刊上发表论文40多篇。
  

• 2012年初入选中组部“青年千人”计划

• 马普学会Otto-Hahn奖章

• 欧盟Marie Curie奖学金

• 2012年入选“云南省引进高端科技人才引进计划”

• 2018年获国务院特殊津贴。

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