dotplot for GSEA

做GSEA分析肯定对下图不陌生，这是最常见到的可视化方式。

这是用来展示running enrichment score的，展示的是单一的通路的富集情况，如果我们想要看整体的富集分析结果呢？显然很多软件是缺乏相应的可视化手段的。

在DOSE和clusterProfiler里，我们可以用enrichMap来展示：

有了leading edge分析之后，我们可以拿到富集通路中的核心基因，所以呢就可以用cnetplot来画富集通路中相应的核心基因，这个在你需要展示基因的时候很有用，但不太好画太多的通路，因为空间有限嘛，点又多。

如果想展示整体的结果，显然dotplot是比较好的。之前是不支持的，最近有人在github上feature request，于是顺手就支持了，还是原来的配方，还是熟透的味道。这里Count是核心基因的数目，而GeneRatio = Count/setSize。我额外加了.sign变量，存NES是否大于0，NES>0代表通路被激活，而NES<0代表被抑制。所以我们可以用facet_grid来分面，showCategory一如既往地用于指定展示多少富集结果，它会把结果限制在p值最小的那些通路上。比如我设showCategory=30，画出来30个p值最小的通路，其中可能20个是激活的，10个是抑制的，如果我想把激活和抑制分开，我想分别画出30个激活的和30个抑制的，这当然可以，我加了个split的参数。

于是就可以画出这些的图，可以展示较为整体的结果。

Feature request是有用的，clusterProfiler能够越来越受欢迎，主要就是因为我勤于维护 🙈