什么是T检验
继续晒生信人
跟某同学讲了T test之后，整理一下。
很多的检验和我们的直觉是一致的，前阵子在一个群里，有管理学院的人问说想看两个样本是不是来自于同一个分布，我叫他画两个CDF，一看就知道。对方说不要看图，我就让他用Kolmogorov-Smirnov Tests。我自己搜了一下，发现ks.test检验的就是拿两个CDF的距离做为统计量，虽然计算很复杂，但是和intuition那是相当一致啊。
最简单也最常用的，莫过于T检验，用我们的直觉就可以理解了，但是我发现不理解还有用错的人也挺多的。
我们要看一个样本的均值是不是等于0，最naive的办法就是看样本的均值和0差别多大。
这个比较之所以naive，因为没有考虑到数据的分布，从上图的两个populations来看，它们的均值都是0，从绿色的分布中抽到一个均值为3的样本，概率并不小，但是从红色的分布中得到这样一个样本，那就是小概率事件。所以不能单纯比较均值，而是要看均值的分布，从上面的populations上看，和数据的离散程度有关。
我们随机抽取100个sample，得到以下的均值分布：
我们需要对均值的离散程度做penalty，那么就可以考虑这样一个统计量mean(x)/SEM, SEM代表standard error of the mean，那么这个统计量比单纯的均值要科学得多。这个统计量，就是学生氏所定义的t。
如果没有大量的样本，是没办法估计SEM的，但是从上面两个图上看，样本间均值的标准误SEM，和总体数据的标准误是正相关的。而总体的标准误可以用样本的标准误,sd(x),来估计。如果我们考虑最简单的形式呢？定义统计量mean(x)/sd(x)。
那么，请等一下，我们还需要考虑到样本量的影响，如果sample size没有影响，那么我们就不需要采集大样本了。从我们的直觉上看，肯定是样本量越大，对总体参数的估计越准确了。
从图上看，还是和直觉很一致。sample size越大，分布越compact，对总体均值的估计也就越准确。那么就需要使用sample size进行加权，把统计量修改为mean(x)/sd(x) * f(n)，其中n为sample size。
我们可以想像，学生氏当年try了几种形式的f(n)，发现sqrt(n)效果最好。于是他就定义了统计量: t = mean(x)/(sd(x)/sqrt(n))。
sqrt(n)效果好，因为sd(x)/sqrt(n)正好是对样本间均值标准误SEM的估计。
我们又可以想像，学生氏当年收集了很多个样本，计算了多个t值，发现这些t值的分布是有规律的，有点像正态分布，学生氏把它定义为t分布，利用t分布的probability density function，就可以计算p-value啦。
上图就是从标准正态分布里抽取100个样本，所计算的t值分布。
很多人上课学不懂，我觉得是因为一上来告诉你t怎么算，但是没让你理解SEM，SEM是理解t值计算的关键。
算完t之后，一句话，符合t分布，然后就是查表看p值,或者让计算机算，太抽象，这世界本来没有t分布，是学生氏定义了t统计量，并发现符合某分布，把它定义为t分布，有计算机做simulation，重现这个过程，就不抽象了，也就好理解了。
至于两样本，如果是paired的话，那就是paired之间相减，用差值做单样本t检验。如果不是成对，那就是t=(mean(x1)-mean(x2))/SEDM.
其中SEDM代表standard error of difference of means，这里有一个pool与否的问题，SEDM看上去稍微复杂了一点点，但是basic idea是一样的，非常好理解。
生信人一贯是抄的，我早发现了，他们其实没有自身的特点，都是各种抄来抄去的混搭。错漏是经常的，网上得来终是浅嘛。但这样也抄出了很多粉丝，胆子还肥了。前两天我刚好看到一生信人的推文是个数据库列表，一看英文的，我就知道是抄的，而且列表非常长，一般人不可能整出来，必定是黄页之类的网站才会做出来，而且每个数据库都是一两句简单介绍，必然是黄页网站的入口简介而已。然而抄来的东西，标了原创，可能觉得抄英文的，随便标吧，反正不会有作者回来申诉。
我看到，也没举报他们，就评论了一句，说这显然抄的，好意思标原创。也算是好意提醒他们。他们应该脸红认错才对，结果却是一副我抄怎么滴啦。我继续评论说，以前还抄我几篇，你也好意思这么说话。然后他删回复，重新来一遍，说他们确实在以前存在不规范的地方，多谢我一直的支持，也应该看到他们的成长，原创文也越来越多，他们自己写的都标了原创。
然后就出来下面这个：
外文网站上的博客也还是没标个出处，一点诚意都没有。
我真心不明白他说自己写的这个写字到底什么含义，不知道是指创作还是文字录入。在我被恶心之后，跟我说抱歉已经晚了。所以本来抄我的，都有标明出处，我也无所谓，但自己来撞枪口，那就只能让他们也闹心一下。