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中空的环形树

2017-04-17 Y叔 biobabble


这是github上的问题,他想画环形树的时候,加一条长长的root length把tips给顶出去。


这个问题在google forum上我早已解答:




我在google group上教会的这个这,他的文章发表在nature communications上,下面是pubmed上的截图。


简直亮瞎了我的狗眼,我看到这图,一口老血差别喷出来,这画的什么玩意,啥都看不清。


我本来以为他要把中间做空,是为了把legend放进去,结果不是,尼玛也太空了,而且tips根本分不清关系,满篇文章都是这种图,附件上更多,好一朵奇葩。



但是github上的问题,让我重新认识了这样的图,就像提问者说的,他想把tip给顶出去,这样容易看到tip label,某种程度上,这不失为一个好方法,一种好折中,但像上面那个顶得太厉害了,我依然接受不了。


实现起来也容易,提问者说figtree可以做,通过搞一条长长的root length来实现,这个在ggtree里,当然也可以这么做,但我做空环形树或者说顶一顶tip label,根本就不需要用额外画条线来顶/撑开圆形,但思路是一样的,无非是要给左边留更多空间,这样在旋转成极坐标的时候,左边的空间就变成了内部的空间,于是中间就空了。


所以呢,+xlim(负数, NA) 就是这么简单,就可以了。


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