[连载1]：学术期刊的学术不端，你见过吗？

编辑部的恶才是最大的恶！

大家是否还记得2015年BioMed Central高调地撤稿了43篇文章，站在道德制高点对审稿过程进行了指责，吐了学术不端一脸口水？

就在这个时候，我写信去BMC Systems Biology告别人抄袭，编辑部信誓旦旦，他们对这种事情是非常认真对待的，然而接下来的剧情却反转了，在我证据甩他们一脸的时候，他们拖着不处理，拖多久呢，超过1年！一直在给抄袭者洗地，最好在没有告知我的情况下，静悄悄地出了个所谓的erratum。
erratum是什么？字典里这样写：

erratum |ɛˈrɑːtəm| noun (pl.errata |ɛˈrɑːtə| ) an error in printing or writing.

我告的是抄袭，plagiarism:

plagiarism |ˈpleɪdʒərɪz(ə)m| noun [ mass noun ] the practice of taking someone else's work or ideas and passing them off as one's own.

结果plagiarism到了编辑部那里变成了erratum.

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事情源自于某一天，我在看分析PPI的软件，看到了这个ppiPre包：

这个包本身类似的工作我是见过的，比如http://intscore.molgen.mpg.de/这个webserver，作者在开发的时候，就一直有联系我，因为内部就使用了GOSemSim。而这个ppiPre声称的20个物种和我GOSemSim支持的一模一样，又同样是计算相似性，就引起了我的好奇心，打开看源码直接给跪了，起码2/3的代码是完全复制粘贴我的，尼玛这样开发软件，如此发文章，谁不会啊！

上面这张截图，你们可以上网自己对比，除了把函数名ygc打头给改了，一模一样：

• https://github.com/cran/ppiPre/blob/a657155d0aa16ff142101cbe51b1000bdd506cf7/R/GOKEGGSims.r#L119-L194

• https://github.com/GuangchuangYu/bioc-release/blob/master/2X/2.6/GOSemSim/R/GOSemSim-internal.R#L196-L278

更多的对比可以参考http://guangchuangyu.github.io/2014/11/proper-use-of-gosemsim/，点击阅读原文可直达。

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做为一个写开源软件的人，别人如果用我的代码做出更有意义的东西，我也会开心，我并不反感别人抄我的代码。但你如果抄了，你要给出一定的acknowledgement，很多人不会细看开源协议的具体条文，到底有没有要求acknowledgement？如何要求？即使软件用了没有要求acknowledgement的协议，在学术界，acknowledgement和相应的引用也是必须的。你copy-paste了我的代码，然后写文章说是自己开发的，这就是学术不端！通篇文章在写自己开发了什么算法，而编辑/审稿人以此在衡量这篇文章，然而却是抄来的！就凭有意欺骗审稿人和编辑就该撤稿！

等我再慢慢八一八，后面去告抄袭，编辑是如何扯皮，如何扯蛋的！原来州官明正言顺地指责别人点灯的时候，自己可以堂而皇之地放火！