Phylip这个文件格式大家都不陌生，因为是多序列比对的常见格式，其实它还支持文件中序列比对所构建的树，我们常见到的，只是没有树、单纯只有序列的版本。

ggtree提供了 read.phylip() 函数，直接可以读phylip格式的序列和进化树.

library(ggtree)
phyfile <- system.file("extdata", "sample.phy", package="ggtree")
phylip <- read.phylip(phyfile)
phylip    
    ## 'phylip' S4 object that stored information of
    ##   '/Users/guangchuangyu/Library/R/3.2/library/ggtree/extdata/sample.phy'.
    ## 
    ## ...@ tree: 
    ## Phylogenetic tree with 15 tips and 13 internal nodes.
    ## 
    ## Tip labels:
    ##  K, N, D, L, J, G, ...
    ## 
    ## Unrooted; no branch lengths.
    ## 
    ## with sequence alignment available (15 sequences of length 2148)ggtree(phylip) + geom_tiplab()

因为同时有树和序列，所以可以直接用msaplot画树和序列。如果不是phylip文件的话，则需要树和另外的fasta文件，才可以用msaplot函数.

msaplot(phylip, offset=1)

另个不要以为ggtree画这个丑，上面的图主要是因为是流感的序列，相似性太高，所以画起来不怎么好看，下面这图明显就颜值高多了，再者配色是可以随便改的。