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NimbleGen:靠什么让罗氏以四倍的价格收购|火视全球259

2016-06-24 火石创造
摘要
NimbleGen的发展可谓充满传奇色彩:成立七年上市;刚上市不久就被罗氏以四倍的价格收购;以独特的MAS技术在基因芯片市场中取得一席之地。让我们一起来认识一下这家公司吧!

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NimbleGen成立于1999年,总部位于美国,是全球领先的基因芯片设计和生产厂商。2007年,公司在美国上市,获得7500万美元投资。同年,罗氏以2亿7300万美元收购NimbleGen。

Roche NimbleGen目前所属于罗氏集团旗下罗氏诊断部门的应用科学事业部,该部门为全世界的研究人员、医师、病人、医院和实验室提供多样化的创新测试产品和服务。其具有特色的产品是具有长链寡核苷酸探针的高密度芯片,可用于全基因图谱和表观基因变异研究。这款芯片的优点是低成本、高通量,基于无膜芯片原位合成技术(MAS)帮助研究者更高效地完成生物或药理学的研究工作。
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新一代测序技术大大推动了科研的进展,但是当研究人员需要对大量外显子进行测序,或研究疾病相关区域,或进行SNP验证等实验时,进行大量的PCR工作来制备测序样本就成了一大难题。举个例子,如果你想对1000个基因(约7000个外显子)进行测序,那么需要先设计并合成14000条PCR引物,扩增出目的片断。这部分费用,再加上7000个PCR反应,总计可以高达18万美元左右,还不包括人工费等。并且,即使每日不休,也需要两个月的时间进行实验。

NimbleGen的芯片 

为解决这一瓶颈问题,NimbleGen推出了革命性全新解决方案,只需一张芯片,几天内就可以捕获连续或分散的5Mb或30Mb基因组区域, 极大节省了费用、人力和时间。
NimbleGen的基因芯片应用主要是在建立DNA文库、DNA快速测序、寻找新基因、表达分析、多态性分析、疾病检测等方面。 另外 ,基因芯片在药物筛选和生化反应器方面也有广泛的应用前景。

NimbleGen基因芯片是集长寡核苷酸探针(-85mer)、超高密度(-4.2M)和高度灵活性于一体的芯片技术平台,这主要得益于 NimbleGen的无膜芯片合成技术(Maskless Assay Synthesis, MAS)。
NimbleGen无膜芯片原位合成技术

NimbleGen利用光化学技术, 结合无膜芯片原位合成技术制作高密度DNA芯片。无膜合成技术的核心部件在于数字微镜设备(Digital Micromirror Device,DMD),以代替传统芯片合成使用的物理铬膜(mask)。
图为利用光化学原理的无痕原位复原技术

每一个铝镜片反射紫外光的角度编排类型由DMD来控制,把光纤反射到放置在反应槽中的 芯片表面。反应槽与DNA合成仪相结合,紫外光将寡核苷酸链的5端去光保护基,从而将合适的DNA分子结合上去,以此有效地合成出满足用户研究需求的特异芯片,芯片密度最高达420万个探针,每个探针可长达100个碱基,显著提高芯片的灵敏度及特异性。
探针的选择与固定

探针分子的选择主要从需要解决的实际问题出发,或者按照天然DNA序列的片断人工合成,或者直接从天然序列中分离、提纯、扩增。在探针分子的长度选择上,通常较长的序列有较高的灵敏度,但是特异性识别能力较差;较短的序列可以采取人工合成的方式得到,并且特异性好,但是灵敏度却较低。 
过去,对于探针进行设计的观念薄弱,但是NimbleGen的研究发现,150mer探针分子具有最佳的灵敏度和分辨能力,可以将交叉杂交现象降至较低,同时信号灵敏度较高,故选用寡聚核苷酸芯片探针的固定也很重要的,特别是对于制作高密度的芯片阵列。其目的是既获得高的点阵密度,同时又保持探针分子的活性和稳定性。NimbleGen通过提高探针的点阵密度可以通过光刻技术或提高点样技术的水平实现这一点。
同时,NimbleGen还与Kapa Biosystems公司合作,以“升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获技术”为方案。现在,升级完成的试剂盒已在中国市场售卖。

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1以技术为载体的基因芯片公司均有独门绝技。

NimbleGen具有芯片制备的独门绝技——无膜原位合成技术(MAS),在全球芯片市场排名第四。MAS技术是芯片制作领域的一大飞跃,其通过数字光处理以及快速高效的光化学,在灵活获得高密度长寡核苷酸芯片的同时,使基因芯片制作从数个月缩短到数小时,为客户带来个性化的芯片设计、高重复性的芯片制作和高可信度的统计结果。
在2009年,NimbleGen的CGH芯片平台生成了最高分辨率的人类基因组拷贝数变异图谱。基因芯片领头羊公司能在产业中占有一席之地往往具备独门绝技,如Affymetrix公司采用原位光蚀刻合成法制备芯片,Agilent公司采用原位喷印合成法制备芯片。
不同的芯片制备原理各有优缺点,可以很好地满足用户的不同需求。此外,在非同质化的产业引导下,百家争鸣有助于技术的发展和创新性突破。
2芯片业务可能将被测序技术取代。

2012年,罗氏NimbleGen宣布停止提供固相DNA芯片相关服务, 将专注于测序以及测序上游的序列捕获技术。2014年,罗氏启动了RNA序列捕获应用项目。同年,罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案。
罗氏的一系列产业布局表明,公司在逐步撤出基因芯片领域,并在二代测序领域开始布局。这是否意味着芯片业务将被测序技术取代,我们将继续观察。


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