教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测
研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！| 常用数据库汇总》给各位老师介绍了一些常用的miRNA研究数据库，今天就为大家挑选几个常用的数据库介绍一下其使用方法。
这些数据库一般是通过预测miRNA种子区与mRNA的结合情况来预测靶基因。种子区（seedregion）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。每个数据库都有自己独特的一套规则，但主要遵循以下几个基本原则：miRNA与其靶位点的互补性；miRNA 靶位点在不同物种之间的保守性；miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；miRNA 靶位点处不应有复杂的二级结构等。当然，具体允许有多少个错配，哪里有错配，这就因数据库而异了。当然，这种预测也并不是完全正确的，因为动物miRNA:mRNA双链往往含有错配、缺口或凸出，因此，预测并不一定是准确的。不过，对于分值最高的匹配，后续实验的成功率还是挺高的。以下便是人们常用的miRNA靶点预测工具及其使用方法。
植物miRNA靶基因的预测
psRNATarget
网址：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/
该网址有三种模式可以选择：载入miRNA的信息预测其靶基因；载入一个基因预测miRNA；同时载入miRNA和基因预测结合情况。
我们将拟南芥的miRNA: ath-miR156a-5p Fasta格式序列输入，cDNA选择拟南芥最新数据库，点击Upload&Submit：
结果就是酱紫的：
动物靶基因预测
动物靶基因预测数据库比较多，我们只挑选几个最常用的介绍一下。
TargetScan
网址：http://www.targetscan.org/vert_71/
TargetScan（targetscan.org）由麻省理工学院的Benjamin Lewis等人在2003年开发，它通过搜索与每个miRNA的种子区匹配的保守位点而预测miRNA的靶基因。作为一个选项，非保守位点也可预测。与其他的目标预测工具不同，TargetScan提供每个miRNA预测靶点的准确排名。这些排名是基于进化上保守的靶定概率（PCT得分）或抑制的预测效果（背景+得分）。TargetScan目前包括TargetScanHuman、TargetScanMouse、TargetScanFish、TargetScanFly和TargetScanWorm，分别围绕人、小鼠、斑马鱼、果蝇和线虫的基因提供预测。目前最新的版本是TargetScan 7.1。
如预测人的hsa-miR-21靶基因首先会弹出这个选项，这是因为miR-21和miR-590种子序列相同导致的，我们选择第一个broadly conserved一栏的miRNA：
结果如下图：
如果我们想看一下hsa-miR-21-5p与预测的靶基因ZNF367的结合情况，就点击Sites in UTR，结果如下：
在该页面我们不仅可以看到预测的hsa-miR-21-5p与ZNF367的结合位点情况，还可以看到另外有哪些miRNA靶向该基因。
8mer、7mer等的定义
miRBase
很多老师只把miRBase当做是miRNA序列查询的工具，其实miRBase还有很多其他功能。靶基因预测的数据库有很多，可能你只知道其中一两个或者知道很多但是不会用，这个都不要紧，你只需要会用miRBase就可以了！不信？那科研小助手让你“眼见为实”！
首先打开miRBase是酱紫滴：
在右侧的Search by miRNA name or kyword一栏输入has-miR-21，结果如下：
在这个页面你不仅可以获得hsa-miR-21的前体序列还可以分别查看其5p, 3p成熟体的序列，更重要的是你可以在Predicted targets一栏直接点击该miRNA的名字查看其靶基因！你可以选择TARGETSCAN-VERT一栏点击查看是否跟我们直接使用TargetScan预测的一样！其他数据库我们就不一一介绍了，大家可以自己去摸索，其实都很简单的。如果还有什么问题请按照下面的要求添加小编微信拉入官方微信群讨论吧。
那么问题来了，这么多预测靶基因的数据库，我们如何精准快速选择最有可能的靶基因呢？欲知详情如何，敬请期待我们的下回分解！O(∩_∩)O
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