CrystalMaker如何打开晶体世界的大门
上周,小编向各位推荐了CrystalMaker这款软件,并介绍了其简单的功能和晶体结构数据库的使用。本期内容将详细介绍CrystalMaker的三大特色功能:1. 晶体结构的多模型展示;2. 晶体学参数的测量(键长,键角等);3. 晶体的投影图和剖面图(甚是好用!)。
1. 晶体结构展示:
为了尽可能真实的展示晶体结构,研究晶体学的先驱们提出了多种模型,比如球棍模型(Ball & Stick)、空间填充模型(Space Filling)、多面体模型(Polyhedral)等。每种模型都体现晶体的不同性质特点。球棍模型展现出原子间的价键关系;填充模型形象展示出原子的堆砌方式。图1为FCC结构Au的三种模型示意图:
图1
CrystalMaker中实现方式:在主界面最上方的Mode菜单下即可切换显示模式。
图1中原子的数目有限,在Crytalmaker中可以控制重复单元的个数。首先点击Range图标,出现如图2所示对话框。在该对话框中,可以选择X,Y,Z三个方向的重复单元。
图2
2. 键长、键角的测量
晶体结构中键长、键角是极为重要的参数。在Crystalmaker中可以很方便的测量两者。在Crystalmaker主界面左侧工具栏中找到测量键长和键角的快捷图标,再选择原子测量即可。具体表示见图3、图4。
图3
在很多有关纳米材料的文献中,常会提到某某晶面,如(100)、(110)等等。在TEM和SEM图中也会有各种晶面的标注。小编一直很纠结这些晶面是怎么标注出来的?为什么有些人一看TEM图片就能知道是哪个晶面?要具备这样的能力必须对晶体的投影图和剖面图有深刻的印象。仅靠空间想象,很难描绘出各种晶型的各晶面投影。在Crytalmaker中,可以直接从各角度查看晶体,甚至可以生成各种剖面图。
晶体的各角度视图:依次选择 Transform - Set View Direction,出现如图5所示对话框。在对话框中,可以设置从任意晶面或者晶带轴观察晶体。
图5
晶体的剖面图:如果各角度视图还不能满足需求,在CrystalMaker中还可以设置任意剖面,并形成剖面图。依次选择Transform - Lattice Plane - Show,如图6所示。
图6
图7
再依次选择Tramsform - Slide Mode即可选择性形成剖面,如图8,9所示。
图8
掌握了这一技能,再也不用担心自己的空间想象力了。
专栏作家招募通告:
研之成理面向所有感兴趣的朋友征集专栏作家,主要是一些专业软件和基础知识的分享。比如,Digital Micrograph, TIA,Endnote, Photoshop, Image j, 红外分析软件,Chemoffice, Crystal Maker, Material studio等软件的使用;XRD结构精修,核磁,红外,程序升温实验,同步辐射,电化学基本标准手段等基础知识的分享。目前,由于小编人数有限,总结的周期会比较长,如果有更加专业的人来分担一部分的话,应该可以让大家更快更好地把基础知识这个方面落实好。欢迎愿意分享的朋友联系我,非常感谢。
如果感兴趣请联系邹同学(QQ:337472528)或者陈同学(QQ:708274),谢谢!我们也会帮助大家进行修改,和大家一起讨论怎样编排才是更好的方式,这也是一种学习成长的过程,不是么?
最后,真诚地希望大家能够在这个平台上展示自己,将自己的思想传递给更多的人。
注:研之成理是个纯公益平台,没有办法给到大家稿费,抱歉!如果真的有一天研之成理走上了商业化道路,那么所有的稿费我们也都会给大家补上。真诚真心,“研之成理”对人和对科研都是如此!
为方便研友们进行学术讨论,研之成理也开创了自己的QQ群,1号群:已满;2号群:536667802。欢迎大家加入进行激烈的学术讨论!
本文版权属于研之成理,转载请通过QQ联系我们,未经许可请勿盗版,谢谢!
长按下图识别图中二维码或者搜索微信号rationalscience,轻松关注我们,谢谢!