Diamond软件问题集锦（上）

后台很多小伙伴留言希望推送Diamond相关内容，所以今天就找到了小木虫上的一个总结帖子，跟大家分享，基本就能概括了常见的问题了。由于篇幅过长，所以分为上下篇介绍，总共45个问题，敬请期待下篇，PDF版本也整理好了，留待下期发布，需要的小伙伴记得明天关注一下哦~

1. Diamond出图时怎么设置dpi数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？

答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi.

答: 呵呵，发现在tools下拉菜单的option里。

2. Diamond椭球图阴影画图 如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版本.

答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的，具体如下：picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。

3. 怎样建立氢键

我这儿有一个cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。

答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。

4. 怎样建立单个分子

diamond一打开cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。

答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是用以前的3.0，经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M, 选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键 delete, 就ok了。如果分子连成片，就删吧。

对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。

答：diamond打开cif时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。

5. 请教diamond画C60遇到的问题

（1）我这个C60在画多面体的时候，中间inset 的atom的半径 在每个面上都要自己一个一个去设定radium，有没有同类原子半径一起设置的？里面没有找到。

（2）当我把中间的 dummy原子（就是为了画多面体的时候新加入的）的半径设为0后，如果想改C60的每个面的颜色的画，这个怎么改的？

（3）最后问一下，我保存的图片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。

另献上我第一幅diamond图，如下。

答：1. 可以在atom设置里找到假原子直接设置2. 以假原子为中心画多面体3. 你用的应该是未破解版本。

6. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒

diamond中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？

答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。

找到了这个文件，感谢原作者Crystalsnet，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。

答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了！

答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别insert atoms , 再 连接心连接， insert bond, 在按你的意思edit the bond。

7. 如何去掉M-C,M-H连接

打开一个晶体数据后，在connectivity中把M-C,M-H去掉后。再点complete fragments后，这些M-C,M-H又连上了，求助高手。

答：点下connect now 再确定试试。

8. diamond里面如何定义元素化合价

怎么样定义元素的化合价，然后使半径比例随之改变？？默认设置好像都是原子半径。

答：问题解决了，在atomic parameter里面。

9. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了，是怎么回事

今天用diamond画配位环境时画到一定程度（配位环境没画完）原子就长不出来了，不知是怎么回事？请高手指点，谢谢！

答：试试在“Type of sphere”中把Rmax值设大一些。

答：或者试试用小太阳符号“Fill coordination directly"。

10. 修改Diamond的默认单胞数

我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为2了，也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元，在哪改回去吖？

答：菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾，下一步-->在fill cell range with项里选择需要的单胞数，按完成。

OK！每次用diamond打开cif文件时，在引导项中注意选择单胞数，就可以控制显示的单胞数了。

11. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢 如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢?

答：我这么做也不管用，后来就在读入cif之后先不生成图，先在connectivity里设定要的健长范围就可以了。

答：那是没有设上，该了之后要再点一下需设原子才行。

答：管用的，应该是你操作有问题。

12. 怎么取消透视图

我用的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图，怎么取消啊？

答：应该是用Representation Settings。

答：用central projection命令！

13. 绘制黄色和蓝色矩形

请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画？通过原子建立平面时，所得的矩形太大，不知道如何调整到所要的大小。

答：好像Diamond里没法加这样的矩形框，这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的，或者不是用Diamond绘制的，比如，可以在Word里加矩形框，然后设置透明度或许可以。

答：在Diamond里加平面是很大，因为平面是无限延伸的，像这种有限的平面实际是些多面体，通过共面的点建立的，像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况，就是这么做出来的，你可以尝试一下。

答：不错，用加多面体的方法，借助哑原子可以做的。

14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比

见识一下各位高手所作的MS或Diamond做晶体的结构图，主要想参照一下颜色搭配！

答：在polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀。

15. 如何去掉Diamond 中画的图Diamond 背景字样

求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样，如何去掉呀？

答：你用的那个版本没有破解。

16. 溶剂水没加氢如何画氢键

我最近想画个氢键堆积图，可是溶剂水没加氢，用diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢键显示不出来，求助高手我应该怎么办啊?

答：先加上氢了，或者你把所有的氢都删掉，直接把O-O之间用虚线连起来就可以了。

答：不加H直接连接O。。。O键容易被审稿人质疑的。最好还是想办法加加H。

答：给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的，然后再去固定住一般就可以的。

答：我都是参照文献的氢键数值，直接在Diamond里设定D...A距离然后连接。 实在想做的完美，可以在解析结构时，使用envi X 2,找出原子X周围较为合理的H，然后将其固定，后者先在Diamond里找出形成氢键D...A的原子对，然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy，并将Dummy定义为H，然后对H进行固定，这样可能就合适了。

答：具体的情况很复杂，加H的技巧很多，实在一言难尽。

17. diamond中怎么画堆积图

diamond中怎么画堆积图啊？有机配体要怎么删除啊？

答：啥样的堆积图？把原子半径改大一点不行吗？

答：估计是你填充单胞不够。

18. 原子坐标

图中的错误是怎么回事？怎样避免？谢谢。

答：你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了，不能移开一点再贴上来吗？只能帮你猜谜了，估计是原子坐标没给，因为其它地方不会提示这个错误的。

答：他好像不是从文件读入的结构信息，而是自己手动输入的，一般绘图软件都可以手动输入的。

19. 如想构造多面体

请问如想构造多面体，中心原子有两个如CeVO4，中心原子为Ce和V 以配位原子为

O来构造两套多面体用什么办法？

答：先选中中心原子，然后在object里选polyhedra，然后选ligand做边,如此重复两次就能得到两个多面体。

答：一般XP都是画配位环境图，基本上所有的图都能用Diamond做。

答：CeVO4多面体骨架图：

20. 怎样美化diamond图

实在没办法，自己对照着说明第一次画图，是LiYF4晶体。

白钨矿型四方晶系，空间点群C6 4h-I4 1/a，晶胞参数a=5.167，c=10.794 我自己画得不知道是什么，求哪位帮帮忙啊。

答：原子比例不太合适，原子小些棍粗些会比较美观；还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改大点，不然这样的图放到文章上字会看不清楚。 画拓扑重在选择节点，看你选择什么作为结构单元，如果是选某种原子那很方便，在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长；如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心，那就需要在shelx程序中添加原子（cent/x命令），然后再在diamond中改变默认键长。首先自己要了解清楚你的结构，然后选择合适的节点，有的时候从不同角度理解结构，可能会选择不同的节点。

答：画拓扑的话，做好用一下olex，可以自动简化节点。

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