PANDA姐的转录组入门(1)：计算机资源的准备

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虽然我翻译总结过综述RNA-seq数据分析指南，也分享过一本好书【好书分享】转录组分析实战指南，收藏过很多相关资料。但是自己却没有跑过RNA-seq分析流程，重复过一篇文章。此时此刻，家里正在举办盛大的五百人共同入门转录组的交流活动，PANDA姐xiong'mao'jie怎么能错过呢，当然是哼哧哼哧学起来啦🐣~~

下面进入正题：安装软件💻！！

准备🚘

• 系统准备 
  Win10系统如何开启Linux Bash功能？ 
  Win10系统Bash on Ubuntu on Windows怎么用？（安装和用法） 
  

• 软件安装目录

1. mkdir Biosoft & cd Biosoft

2. wget http://biotrainee.com/jmzeng/RNA-seq/RNA-seq-example-GSE81916-two-group.sh

• 软件列表

• git/notepad++/everything 编程基础工具

• sratoolkit sra数据格式转换

• fastqc 质控

• hisats 比对

• samtools sam/sam文件操作

• htseq-count reads计数

• R\Rstudio 统计、画图、后续分析

sratoolkit💼

1. cd /mnt/d/Software/Biosoft

2. mkdir sratoolkit &&  cd sratoolkit

3. wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

4. # curl:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

5. # 长度： 76473769 (73M) [application/x-gzip]

6. # 正在保存至: “sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz”

7. tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

fastqc👓

1. cd /mnt/d/Software/Biosoft

2. mkdir fastqc &&  cd fastqc

3. wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip

4. # curl: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

5. unzip fastqc_v0.11.5.zip

6. # 中间要安装unzip和java，根据系统提示安装，一般是sudo apt install后加软件名。

HISAT🚀

1. cd /mnt/d/Software/Biosoft

2. mkdir HISAT  &&  cd HISAT

3. wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip

4. # curl:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml

5. unzip hisat2-2.1.0-source.zip

6. cd hisat2-2.1.0

7. make  # 在此之前要安装g++和gcc，同上用sudo apt install 安装。

8. rm -f *.h *.cpp

samtools🍉

1. cd /mnt/d/Software/Biosoft

2. mkdir samtools &&  cd samtools

3. wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2

4. # curl：http://www.htslib.org/download/

5. # 长度： 4190142 (4.0M) [application/octet-stream]

6. # 正在保存至: “samtools-1.5.tar.bz2”

7. tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2

8. cd samtools-1.5

9. ./configure

10. # 根据configure 检测，安装系统依赖的模块，直到没有报错。

11. make

12. sudo make install

HTSeq🎈

1. # 安装依赖

2. sudo apt-get install python-pip

3. pip install --upgrade pip

4. sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib

5. wget https://testpypi.python.org/packages/de/e4/5287587097a4c46b571babb074ce3ff91cf220bed26502b69dccd3a2fda3/HTSeq-0.8.0dev2.tar.gz

6. # curl:http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/count.html

7. tar xvzf HTSeq-0.8.0dev2.tar.gz

8. python setup.py install --user

9. ~/.local/bin/htseq-count  --help

Anaconda🐍

1. wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

2. # curl:https://www.continuum.io/downloads

3. vi ~/.bashrc

4. export PATH="/home/shenmy/anaconda3/bin:$PATH"

5. # 正常情况下会自动添加到环境变量里的，手速太快错过了，手动添加。

6. conda install -c bioconda samtools=1.5

7. conda install -c bioconda htseq=0.7.2

8. conda install -c bioconda hisat2=2.1.0

9. conda install -c bioconda fastqc=0.11.5

10. conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1

其他安装笔记✍

青山屋主:https://zhuanlan.zhihu.com/p/27670618?utm_source=wechat_session&utm_medium=social&from=groupmessage&isappinstalled=0 
hoptop:http://www.jianshu.com/p/b16ae34f9012

这是一个随意的视频📀

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