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还在为找不到基因序列而烦恼么?
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UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有多个物种的基因组草图,并提供一系列的网页分析工具。当我们想进行检索基因序列信息时,首先登录其官网:http://genome.ucsc.edu/index.html。主页面有详细的网站介绍和功能工具介绍。
物种选择
UCSC上包含49个物种的序列信息,人,大鼠,小鼠等常规物种还有不同版本数据,狗,猫,马,羊,海豚等非常规物种也有对应序列信息。当我们想检索某个基因的信息时,首先进入“Genomes”菜单项,在“other”里面选择对应物种和相应的版本信息。当然,如果你研究的物种不包含其中,退而求其次的方法就是找亲缘关系最近的那个物种了。
基因检索
检索某个基因的信息有不同的方式,其中最简单的是染色体位置信息或基因名称:1,物理位置,如:chr11:2,016,406-2,019,065(标点必须换成英文格式);2,基因名,如MAPK1;3,NCBI标准的基因号,如NM_000156。在“search term”项中输入相应信息,点击“submit”即可,比如,小编现在想检索人的lncRNA明星分子H19,输入“H19”即可。
检索后会出现相应转录本的来源信息,选择自己相应所需版本,进入。
信息浏览
点击进入后,就会得到该基因详细的染色体分布,外显子内含子信息,不同数据库对应信息等等,网站会把你的目的基因用蓝色框指示出来。值得注意的是,在该界面中,如果你的研究用了affymetrix表达谱芯片,那么,该基因在芯片上的探针设计位置也会展示出来,对于你后续基因验证时的引物位置选择非常有用。
下载序列
最后一步就是提取序列,选择最上面菜单项“View”中的“DNA”选项,即可得到序列下载界面。该界面会提示你所需下载序列的具体位置,以及你所需序列的区段。如果您想在基因前后加上500bp等等都可以,选择“get DNA”就可以得到相应的序列信息了。
得到的序列信息会告诉你详细的位置信息,基因前后附加序列信息,数据来源版本等,只要将这部分内容拷贝到你自己的文件夹中即可。
以上5个步骤简单介绍了在UCSC上下载基因序列信息的方法。当然,UCSC的功能远远不止这些,小伙伴们可以根据自己的需求,尽情的享用里面的资源吧。大家好才是真的好,赶快把这个简单有用的工具分享给你的小伙伴们吧!