2019 NAR 生物分子研究在线工具发布了！

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核酸研究期刊 Nuclear Acid Research 最近发布了生物信息在线工具分析工具列表，这期主题仍集中以下几个方面：

• DNA & RNA

• 基因组和遗传变异

• 基因集功能富集分析

   上新一款模式生物的软件

• 系统发生的分析与可视化

   今年软件特别丰富

• 蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能

   PSIPERD 二十周年！

• 文本挖掘

   NCBI 二连击！

• 其他领域

   CRISPR/Cas 基因组编辑工具箱上线！

另外，文末附上了任职 13 年的NAR Web Server Issue 执行主编的退休感言。

下面是 NAR 点名 的一些工具，详细的工具连接请访问原文。另外，对软件描述进行词频统计可以发现，蛋白质的研究仍然一马当先，而结构的研究已经成为目前的主流。

DNA & RNA

1.Web 3DNA 2.0

   能够分析与可视化 DNA 结构 （封面图）

2.tRNAviz

   分析 tRNA 序列

3.sRNAbench and sRNAtoolbox 2019

   分析小 RNA

4.RNA workbench 2.0

   RNA 分析工具箱升级版

5.RNAmod

   mRNA 修饰的注释

6.HNADOCK

   RNA/DNA 的 3D 建模

基因组与遗传变异

1.antiSMASH 5.0

   用于检测次级代谢产物的生物合成基因集合

2.CPGAVAS2 与 OGDRAW

   对细胞器（叶绿体与线粒体）基因组的注释与可视化

3.WashU Epigenome Browser

   表观数据的探索

基因集功能富集分析

1.g:Profiler

   使用频率很高的一款软件升级了！

2.WebGestalt 2019

   软件升级

3.modEnrichr

   一款针对模式生物的新软件

4.ChEA3

   针对转录因子的富集分析

系统发生的分析与可视化

1.iTOL v4 / Phylogeny.IO / Evolview v3

   系统发生树的注释与可视化

2.NGPhylogeny.fr

   系统发生分析

3.AutoMLST

   细菌的多位点序列分析

蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能

蛋白质工具集合

PSIPRED

结构注释工具集

结构预测

1.IntFOLD

   蛋白结构预测

2.LOMETS2

   基于线程的结构预测

3.DaReUS-Loop

   对 loop 建模

4.Caver Web

   识别蛋白质结构的沟壑（tunnels & channels）

结构预测模型评估

1.GalaxyRefine2

   蛋白结构精细化

2.VoroMQA

   结构模型质量评估

蛋白互作

1.PIZSA

   基于氨基酸残基表面预测蛋白互作

2.mCSM-PPI2

   预测突变对蛋白互作的影响

其他

1.Yosshi

   利用二硫键对蛋白质的工程化

2.SwissTargetPrediction

   小分子潜在的蛋白质靶

3.PRECOG

   G-蛋白偶联受体的偶联概率预测

4.Aggrescan3D 2.0

   蛋白质溶解度的分析

文本挖掘

1.PubTator Central 与 LitSense

   两个软件都试图对不断扩大的文献迁移任务简化

2.GeneShot

   寻找与研究主题最相关的基因

其他领域

1.NetworkAnalyst 3.0

   基于网络的基因表达分析

2.EpiAlignment

   用序列与表观信息比对基因区域

3.SPADE

    过敏源 IgE 抗原表位的预测

4.Pergola-web

   对时间序列等纵向数据的分析与可视化

5.IEDB-AR

   为 Immune Epitope Database 提供了新的计算工具

6.CHOPCHOP v3

   CRISPR/Cas 基因组编辑工具集合

7.EMBL-EBI APIs

   生物信息序列分析与文本挖掘网络服务器

报名参加“circRNA测序及数据挖掘入门培训班”，解锁更多新技能。

本期培训班由具有多年circRNA-seq高通量测序及数据分析经验，以丁向明博士领衔的专业讲师团队授课。讲师成员在circRNA测序及数据挖掘方面具有深厚研究功底，团队打造的人类circRNA综合数据库——circBank，贴近circRNA实际科研需求，上线短短两个月即被多篇Molcular Cancer、Aging-US等国际知名期刊文章引用。

授课讲师结合团队多年研究经验精心准备，从circRNA-seq实际案例出发，手把手教您通过R语言和生信工具实现circRNA差异统计分析、基因富集分析和热图、火山图、RCircos图、分子调控网络图绘制等。培训内容以基础教学为主，为零经验、想入门生信分析的您提供最佳学习路径。

培训时间：2019年8月1-2日（周四、五）

地点：广州歌尔爵斯酒店（禺东西路40-2号，广州火车东站附近）

名额有限，限报30人，报完即止；

培训费用：3000元（交通费与食宿费自理，仅提供茶歇和午餐）

优惠政策

1. 2019年7月15日前报名，优惠500元；（以汇款到账日期为准）

2. 报名前10名，可免费参加“第五届circRNA研究论坛”

3. 团购优惠：2人组团报名，每人可优惠100元、3人组团报名，每人可优惠200元、4人及以上组团报名，每人可优惠300元；

4. 发票内容为：培训费，缴费发票均在现场领取。（仅开增值税普通发票）

报名方式

1. 长按识别下方二维码，填写信息报名；

2. 邮件发送姓名、单位、电话到联系人邮箱，主题注明报名“circRNA测序分析培训班”；

3.  汇款时请务必注明学员姓名、单位，汇款后将汇款凭据电子版发送至邮箱[e-mail]，以确保汇款安全到账。

联系人：陈老师

联系电话：[phone]

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