ncEP | 收集ncRNA编码的蛋白质或多肽的数据库

近日，东南大学医学院王丽虹和南京航空航天大学姜伟、宋晓峰教授为共同通讯作者发表一个专门收集ncRNA编码的蛋白质或多肽的数据库——ncEP，文章发表在Journal Of Molecular Biology杂志上。ncRNA可以参与许多生物学过程，例如细胞生长，发育，代谢，死亡等。最初，这些ncRNA仅被视为“非翻译” RNA。近来，越来越多的证据表明，诸如lncRNA，circRNA和miRNA等非编码RNA（ncRNA）可以编码蛋白质或肽，其通常少于100个氨基酸。目前研究者已经提出了几种高通量预测ncRNA编码的蛋白质或肽的方法。但是，缺乏一套标准的ncRNA编码蛋白或肽的金标准，因为低通量的经过实验验证的肽散布在大量文献中，而没有系统的记录。ncEP数据库创建者希望专门为ncRNA编码的蛋白质或肽而精心设计的数据库，可以丰富ncRNA翻译的知识。

ncEP数据库包含来自已发表文章的，由ncRNA编码的低通量实验验证蛋白或肽。每个条目均包含有关蛋白质或肽名称，实验物种，染色体位置，蛋白质或肽序列，蛋白质或肽长度，ncRNA类型，ncRNA名称，实验技术，实验样品（细胞系和/或组织），亚细胞位置的详细信息，蛋白质或多肽功能，参考信息（PubMed ID，出版年份，论文标题）等。ncEP共包括80个条目，其中包括来自50多种论文的18种物种的22个lncRNA，9个circRNA，9个pri-miRNA和37个其他非编码RNA编码的蛋白质或肽。此外，ncEP提供了一个在线基因组浏览器，以显示ncRNA，蛋白质或肽的基因组位置及其物种保守性。

ncEP数据库提供了多种检索途径，可以通过蛋白/多肽名称或ncRNA名称进行搜索还可以按基因组位置进行搜索。

按基因组位置搜索。您可以通过基因组位置查询蛋白质或多肽。首先，您可以从物种下拉列表中选择物种，例如“人类Homo sapiens”。然后，从染色体下拉列表中选择染色体编号，例如“ 4”。接下来，您应该在查询文本框中输入基因组起始位点（例如“ 152321585”）和终止位点（例如“ 164899063”），然后按“搜索”按钮。结果列出了与您输入的“人类（人类）”，“ 4”，“ 152321585”和“ 164899063”相关的所有潜在条目。返回有关蛋白质或肽和ncRNA的基本信息。

ncEP还集成了一个在线基因组浏览器，用于可视化蛋白质或肽，ncRNA和物种保守性信息的基因组位置。ncRNA，肽和物种保护信息在基因组浏览器中显示为三个独立的轨道。如果您不知道蛋白质，肽或ncRNA的名称，也可以根据ncEP在基因组浏览器中的基因组位置进行搜索。

ncEP数据库网址：www.jianglab.cn/ncEP/

参考文献

1.Liu H, Zhou X, Yuan M, et al. ncEP: a manually curated database for experimentally validated ncRNA-encoded proteins or peptides[J]. Journal of Molecular Biology, 2020.

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