circRNA研究汇总 | 20200427-0503

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计23篇，下面我们一起来看看，circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式：(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

1、CircAtlas：来自1070个脊椎动物转录组的100万个高精度环状RNA的整合资源。

标题：CircAtlas: an integrated resource of one million highly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes.

杂志：Genome Biol

影响因子：14.028

通讯作者：赵方庆教授（中科院北京生命科学研究院）

环状RNA（circRNA）相关表达谱数据已成为转录组学的重要组成部分。赵方庆教授团队开发的circAtlas数据库，从6个脊椎动物物种的19个正常组织中收集1070个RNA-seq样本数据，整合展示约100万个环状RNA的相关信息。其中81.3％以上circRNA提供了全长序列。用户通过circAtlas网站可免费检索这些circRNA的表达模式，保守性和功能注释等信息。CircAtlas网址：http://circatlas.biols.ac.cn/；数据库详细介绍请点击：CircAtlas | 来自1070个脊椎动物转录组的100万个高精度circRNA的综合数据库

图注：circAtlas数据库概要

2、环状RNA-ZNF532调节糖尿病引起的视网膜周细胞变性和血管功能障碍。

标题：Circular RNA-ZNF532 regulates diabetes-induced retinal pericyte degeneration and vascular dysfunction.

杂志：J Clin Invest

影响因子：12.282

通讯作者：颜标教授 和Chen Zhao（复旦大学），Qin Jiang（南京医科大学）

糖尿病视网膜病（DR）是工作年龄成人视力丧失的主要原因。血管周细胞变性是DR的主要临床表现，但对周细胞变性的机制了解甚少。环状RNA（circRNA）在多种生物学过程和疾病进展中起重要作用。该研究中，研究者调查了circRNA在周细胞生物学和糖尿病引起的视网膜血管功能障碍中的作用。在糖尿病应激下的周细胞中，糖尿病鼠模型的视网膜血管中以及糖尿病患者的玻璃体液中，cZNF532的表达上调。cZNF532沉默可降低周细胞的活力，增殖和分化，并抑制周细胞向内皮细胞募集。cZNF532通过充当miR-29a-3p海绵并诱导NG2，LOXL2和CDK2的表达增加，进而调节周细胞生物学功能。敲低cZNF532或miR-29a-3p的过表达加剧了链脲佐菌素诱导的视网膜周细胞变性和血管功能障碍。相比之下，cZNF532的过表达或miR-29a-3p的抑制可改善人糖尿病性视网膜病变引起的玻璃体和视网膜周细胞变性和血管功能障碍。该研究结果数据确定了circRNA介导的机制，可协调DR中的周细胞生物学和血管稳态。诱导cZNF532或抑制miR-29a-3p是治疗DR的一种可利用的治疗方法。

图注：cZNF532在糖尿病视网膜病（DR）中功能机制示意图

3、VirusCircBase：病毒circRNA数据库。

标题：VirusCircBase: a database of virus circular RNAs.

杂志：Brief Bioinform

影响因子：9.101

通讯作者：彭友松教授（湖南大学）

环状RNA（circRNA）对多种细胞活动和多种人类疾病至关重要。在双链DNA病毒（dsDNA）中已鉴定出几种与癌症相关的病毒circRNA，但尚未有关于病毒circRNA的系统研究报道。该研究中，作者通过病毒感染相关RNA测序数据对病毒circRNA进行计算预测，对23种病毒物种的11924个circRNA进行了系统的调查。除了dsDNA病毒外，该研究还发现了单链RNA病毒和逆转录病毒中的许多circRNA，例如寨卡病毒，甲型流感病毒，埃博拉病毒和HIV1等。大多数病毒circRNA在反向剪接位点的侧翼序列具有反向互补序列或重复序列。大多数病毒circRNA仅在特定物种的特定细胞系或组织中表达。功能富集分析表明，来自dsDNA病毒的病毒circRNA参与了与癌症相关的KEGG信号通路。VirusCircBase数据库存储和组织了目前研究中的所有病毒circRNA，是第一个病毒circRNA数据库。在当下全球公共卫生背景下，VirusCircBase为进一步探索和研究病毒circRNA提供了数据指南。数据库详细介绍请点击：VirusCircBase | 病毒circRNA数据库

图注：VirusCircBase数据库统计概览

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