微生物多样性研究之物种聚类树美化工具—iTOL

         Ion torrent为微生物多样性研究提供一套完整的解决方案，样本处理可以采用Ion 16s^TM Metagenomicskit（方便快捷），也可以自主设计。数据分析可以采用Ion Reporter的Metagenomics 16S 分析流程和meta16s分析插件，下游非常多的分析工具支持对meta16s分析插件的结果（xxx.shared文件）进行后续高级处理，达到发文章的需求。如Mothur和iTOL：Mothur绘制物种聚类树（tree.shared(shared=XXX.shared.txt,calc=braycurtis,label=0.03)），iTOL可以对物种聚类树进行各种功能的美化，iTOL（Interactive Tree Of Life）是一个在线美化进化树工具。主要的功能是：Display，annotationand management of phylogenetic trees。用户可以自定义往进化树添加很多项目，比如添加蛋白结构域，热图，箱线图等。

       访问的网址：

       iTOL主界面：

网站操作：

1、登陆网页进行用户注册：Create an account填写相关信息，填写E-mail方便忘记密码时找回密码；

2、创建workspace和project；

3、往创建的project上传进化树文件，树文件可以通过分析软件Mothur (tree.shared(shared=XXX.shared.txt,calc=braycurtis,label=0.03))分析得到,XXX.shared.txt文件可以有ion平台的meta_16s分析插件获得,Uploadtree file；（如果是MEGA绘制的进化树可以将其保存为.nwk格式文件）

4、点击上传的树文件进行查看并可以对进化树进行简单修改；

5、进化树的深入美化：登陆iTOL网页的帮助文档页面，找到对应图形配置辅助文件（1），并查看格式按照说明进行个性化修改；

6、个性化修改辅助文件：辅助文件设置为堆叠图（1）：ALIGN_FIELDS,0，添加图注（2），添加菌落相对分度（3）；

在进化树添加了菌落相对分度堆叠图（不同颜色代表不同的菌落）。

当ALIGN_FIELDS,1，取消柱状图的堆叠模式。

7、导出绘制成果，可以导出不同的文件格式（SGV，PDF等，推荐使用SVG,PDF等矢量图格式）；

8、通过上面简易操作就可以将meta16s分析插件结果转化成图形，形象地描述数据的特征。除此之外，通过工具Metastat和LEfse可以对meta16s分析插件结果进行样本间菌落差异比较分析。