复旦大学表观基因组学暑期国际讲习班圆满落幕！十天全景回顾！
由遗传与发育协同创新中心和上海人类学学会共同主办的、为期10天的“复旦大学表观基因组学暑期国际讲习班”已圆满落幕！
我要做远方的忠诚的儿子
和物质短暂的情人
和所有以梦为马的诗人一样
我选择永恒的事业
谢谢你把十天交给了我们
希望还给了你一段美好的记忆
请跟随我们一起
回顾这十天的学术盛宴
重温这十天的点点滴滴
本次课程共计邀请到了国际相关领域专家5位，分别为加州大学圣地亚哥分校的任兵教授、美国NIH Roadmap Epigenomics项目资深负责人Frederick (Fred) Tyson 博士、冷泉港实验室的Thomas Gingeras 教授、宾夕法尼亚州立大学的岳峰教授以及Genome Research杂志执行主编Hillary Sussman，此外还邀请到13位国内顶尖学术机构的知名专家。他们共同为来自全国各地的近350名学员带来为期10天的课程。
8月3日上午，课程开班仪式隆重举行，开幕式由复旦大学生物医学研究院PI、“973”首席科学家、长江学者特聘教授于文强主持。于教授表示，希望此次课程能够吸引更多的青年学者和学生投入到表观基因组学的研究领域，一起推动推动国内表观基因组学研究和发展。
复旦大学生命科学学院常务副院长杨忠老师出席开幕式并致辞。杨院长对全国各地专家学者的到来表示欢迎，希望籍此次课程，大力推动国内外表观基因组学领域的合作，为国内表观基因组学的研究提供动力。
开班仪式结束后，本次课程的重量级的嘉宾——加州大学圣地亚哥分校的任兵教授为学员们带来了精彩的授课内容。任兵教授首先以“长达2米的DNA如何缠绕为微米级别的染色体”作为切入点，详细解读了3D与4D基因组的内涵及应用，重点介绍了表观基因组学研究过程中所涉及到的关键研究方法，如3C、4C、5C和Hi-C等，最后从表观基因组学角度详细解读了精准医疗的最新进展。
8月4日上午，北京大学的伊成器教授从DNA去甲基化与Tet，DNA去甲基化中间产物5hmC等的生物学意义和检测以及Tet的生物学意义和调控功能等3个方面对表观基因组的动态调控与机制进行了详尽的解读。
北京大学的伊成器教授授课中
8月4日下午，北京大学附属肿瘤医院的邓大君教授从肿瘤发生发展的角度着手，详细解读了肿瘤发生发展过程中DNA甲基化的变化以及肿瘤转移的表观遗传学机制，介绍了其最近的研究结果——P16 基因甲基化可作为口腔粘膜上皮异型增生癌变预测标志物，在肿瘤发生前2-3年早期判断出这种癌前病变的癌变可能性。
8月5日上午，清华大学的颉伟研究员就表观遗传学领域最根本的问题之一“表观遗传学的遗传（Epigenetic inheritance）”进行解读，主要从DNA甲基化的遗传与争论、组蛋白修饰的遗传以及非编码RNA的遗传等角度展开，深入解读了表观遗传的遗传机制。
8月5日下午，香港科技大学的Danny Chi Yeu Leung进行了“表观基因组学与胚胎发育”的报告，分别选取胚胎早期发育、生殖干细胞成熟、iPS形成以及转分化等角度对这些关键生命过程中的表观遗传修饰的变化及其生物学意义进行解读。
香港科技大学的Danny Chi Yeu Leung教授授课中
8月6日上午，复旦大学的马端教授从环境毒素与表观遗传学改变以及PM2.5与表观遗传异常等角度对环境表观遗传学进行了解读。环境污染问题日益严峻，马教授生动全面的讲解引起了现场学员的广泛共鸣。
8月6日下午，复旦大学的李伟博士为学员介绍了表观遗传学常用的软件及网络资源，从常用的软件及网络资源、肿瘤表观基因组学常用数据库以及二代测序数据获取及分析实战等层面展开。
8月7日上午，复旦大学生物医学研究院的于文强研究员为学员打开了新的视野，深入探究了细胞核内miRNA的功能，从miRNA的核内定位分析、miRNA与增强子、胞核内miRNA与胞浆中miRNA的协同调控及其作用机制和疾病发生等角度进行阐述。于教授的报告深入浅出，角度新颖，引起了热烈的讨论。
8月7日下午，中科院生态环境研究中心的汪海林研究员介绍了DNA损伤修复的表观遗传学，主要涵盖了DNA损伤修复的基本概念和原理、小分子调控DNA甲基化与去甲基化以及DNA m6A修饰的功能和动态调控。令人印象深刻的是，汪老师于去年发表于Cell上的文章，首次报道了果蝇中6mA的存在，揭示了真核生物DNA新修饰形式，在表观遗传研究领域取得了具有重要意义的原创性突破。
8月8日上午，中科院北京基因组研究所的杨运桂研究员详细解读了RNA修饰的表观遗传学，介绍了RNA的不同修饰和分类，重点阐述了RNA m6A修饰的分布及生物学意义以及检测方法，并强调了RNA m6A的动态调控。
8月8日下午，中科院上海计算生物学研究所的杨力研究员为学员带来了题为“环状RNA与调控”的精彩分享，主要从环状RNA的产生与分类、环状RNA与miRNA调控、环状RNA与内含子和外显子的关系以及环状RNA的功能及生物学意义等角度进行了深入的阐述。
8月9日上午，复旦大学生科院的倪挺教授讲解了基因剪切的生物学意义与检测、共转录水平的基因剪切与染色质修饰、基因剪切的生物信息学分析面临的挑战与策略、染色质修饰调控基因剪切的机制与疾病、RNA剪切与染色质修饰的相互影响等内容，为学员们全面而系统的解读了表观遗传调控与基因剪切。
8月9日下午，药明康德测序中心的陈云弟博士详细介绍了基因组测序样本、RNA测序样本、ChIP样本以及DNA甲基化样本等的制备，与学员们深入探讨了高通量测序样本的制备技巧。
8月10日上午，宾夕法尼亚州立大学的岳峰教授详细解读了增强子与基因表达调控，从增强子与染色质修饰、增强子与细胞身份决定、增强子序列变异与疾病以及增强子与基因调控的机制等角度进行深入阐述。
8月10日下午，同济大学的张勇教授为学员们详细介绍了ChIP-Seq及DNA甲基化的分析策略，重点聚焦于ChIP-Seq常用的分析策略、分析优化及标准化、全基因组DNA甲基化分析策略及问题解析等，为学员们的ChIP-Seq数据分析提供全面而细致的指导。
8月11日上午，美国冷泉港实验室的Thomas Gingeras研究员详细解读了ncRNA及其功能，从ncRNA的种类与调控方式、ncRNA与coding RNA间的转换、ncRNA与染色质修饰、ncRNA与表观调控复合物以及ncRNA与疾病等角度进行深入解读，为学员提供一幅ncRNA的表观遗传全景图。
8月11日下午，宾夕法尼亚州立大学的岳峰教授为学员们介绍了ENCODE和Roadmap这两个国际项目，并对ENCODE的相关软件和资源进行解读，现场展示了Roadmap相关资源的应用。
8月12日上午，美国冷泉港实验室的Thomas Gingeras研究员解读了Circulating RNA(Exosome)的相关内容，涵盖exosome的概念与功能、exosome内RNA与细胞间通讯、exosome内miRNA与肿瘤转移以及exosome的检测和研究策略。
学员成果展示
本次课程特别设置了【学员成果展示】环节，希望学员利用所学所感，提一个Epigenetic 主题的proposal，包含研究背景、研究重要性、关键技术重点、实验流程等。正如于文强老师说的，此前学员们一直在take in，而proposal环节，学员们需要give something back。学员成果汇报由Genome Research执行主编Hillary Sussman主持，汇报语言为英语。
8月12日下午，6名学员代表进行Proposal（点击Proposal查看详情）展示。 正如Thomas Gingeras所言：In science, we hope our students will be pioneers, not just engineers。确实，6名学员的proposal选题新颖，内容详实，让嘉宾眼前一亮。
| 姓名/单位 | Proposal题目 |
刘发扬 西北农林科大 | 大鼠细胞在小鼠体内培养后染色体结构的变化 3D genomics analysis of Rat cells in Mouse by Interspecific Blastocyst Injection of Pluripotent Stem Cells |
夏燕 中南大学 | 性别差异的甲基化及其与精神疾病的关联 Sexually Dimorphic DNA Methylation in Human Brain and Relevance to Psychiatric Disorders |
金威 香港大学 | 探究衰老蛋白Progerin形成的分子机理 Exploring molecular mechanism of pogerin generation |
徐鹏 复旦大学 | 学术压力越大，头发越少？表观遗传在脱发中的作用 The More Academic Pressure, the Less Hair? Epigenetics matters in hair loss |
郝亚娟 中科院北京基因组研究所 | RNA m6A修饰与miRNA间的连接子是什么？ What’s the linker protein between RNA m6A modification and microRNAs? |
李晶 第二军医大学转化医学中心 | 组织特异性增强子失调介导肿瘤身份危机机制研究及临床应用 Cancer Cell Identity Crisis as a Result of Enhancer Epigenetic Dysregulation |
Proposal之后，美国NIH Roadmap epigenomics资深负责人Frederick (Fred) Tyson 博士对表观基因组学研究的现状进行总结，并对未来进行展望，简要介绍了NIH Roadmap表观基因组学计划的背景和意义、表观基因组学计划完成情况和主要研究成果以及表观基因组学计划的挑战。
美国NIH Roadmap epigenomics资深负责人Frederick Tyson 博士授课中
最后，举行了简短的Proposal颁奖仪式，其中第二军医大学的李晶以精彩的展示获得最高票数，斩获一等奖。二等奖获得者为中南大学的夏燕、西北农林科大的刘发扬；复旦大学的徐鹏、中科院北京基因组研究所的郝亚娟、香港大学的金威获得三等奖。
Genome Research执行主编Hillary Sussman与一等奖获得者李晶合影
课程至此已全部结束
还记得那些精彩的画面么？
是否有那么一瞬间
被认真的自己打动了？
课程反馈
@UCSD 任兵：Outstanding!! Thanks to Wenqiang for the amazing organizational effort. Thanks to all the volunteers who made the course run smoothly!
@复旦 于文强：感谢各位老师同学10天来的支持，我们一起学习，一起起早贪黑，大家相互理解，才能使学习班圆满成功。这个群将成为表观基因组学研究者和爱好者之家，成为联系大家的纽带，大家相互学习，共同进步，互相合作。大家的分开是物理的，暂时的，我们的联系是精神的，永久的。我们将不定期的发送表观遗传学的最新进展，大家仍旧可以继续学习，希望这个群能够成为大家永久的精神家园。各位老师同学常回家看看！
@第二军医大学 李晶：首先，要感谢于老师和各位辛苦的志愿者，课程充实，内容丰富；其次，我相信很多来听课的来自各个领域，对表观接触有的是初次，虽然有些不懂，但是你们听的是最先进的内容，所以只要懂一点，你就与时俱进了。不要着急慢慢来；最后，希望继续做下去，继续办下去。课程继续做下去，课题继续做下去。
@王娟：离开教室的瞬间，忍不住回头多看了两眼。心里陡然失落得很，记忆拼不过时间。然而，被丰富过了的脑袋瓜，很快绕过了失落伤感，带着对新知识新发现的渴望和期待，勇往直前。谢谢这次培训班，我对明天已经没有期待了，因为对今天还有过去都很满意～
@哈医大 张慧姝：这10天的课程，学到很多知识，满载而归，感谢于老师、李老师等组织者对课程的精心安排，感谢所有老师和志愿者们的辛勤付出，也期待以后还能来这样高水准的讲习班学习。
@小鱼刺：谢谢各位授课老师和会务组的同学，给我们带来了一次前所未有的盛宴，期待明年再来参加你们举办的培训。
@李杨杨 北大：收获知识的同时也收获了友谊！感谢于老师为我们提供这样美好的平台！
@郑轩·川大国重：感谢各位老师，同学，学到很多！特别感谢于老师group，辛苦了！明年推荐师弟师妹们来！
@王小憨：听了10天课，听懂一半多一点儿。不过足够折腾一两年了。真是长见识了，对表观的认识又加深了。
……
当骊歌响起
你是否还会怀念
饭后的酸奶和香蕉
每天下午的西瓜和圣女果
那棉花糖似的白云
和如梦般湛蓝的天空
还有那天空中飘荡的
知识和自由
再见
期待再次相见！
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图：孙国根、徐鹏、罗怀兵等
文：徐鹏