STAMP也可以轻松搞定

今天给大家介绍一款简单实用的软件，STAMP，对于我们做微生物生态的来说，这个软件可以用于分析宏基因组（Metagenome）和扩增子高通量测序等数据，对多个样品的Metagenomic profiles进行统计分析和比较。各种系统下都可以安装使用。

为了直观，先展示一下STAMP能做出来的图吧，相信大家在很多公司的产品手册上都看到过，例如下图

上图展示了两组样品的Welch T-test差异比较分析。

除此之外，STAMP还可以做多组样品的ANOVA差异分析，和样品间的PCA分析等等。

（讲到这，实验室小霸王参天大葱凑过来，不屑的说：“这些R也能做啊，而且做得更炫更美丽，哼~！”

好吧好吧，其实当然R做图更炫酷，但是STAMP胜在方便快捷简单实用，更适用于我等电脑小白，不是么~

当然了，小绵羊我当然只敢怒不敢言，默默在心里OS：“等哪天我成了生信大咖，看我怎么虐你，哼哼哼”）

好了废话少说，赶紧说一下STMAP的用法吧

1、直接搜STMAP生物软件http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP ，下载后安装，支持windows，Linux 和 OS X 多个系统

2、安装完后，它的图标是这样的

它的界面是这样的

3、然后我们需要准备输入文件了

一个是丰度文件，是制表符分隔的txt格式（可以先在excel内编辑，然后另存为制表符分隔的文本文件）

一个是分组文件（也是制表符分隔的txt格式）

4、然后我们就可以选择模型了，根据自己的数据，是两组就选择两组的，多组就选择多组，然后在下图红框的地方选择自己要用箱线图，还是PCA还是等等其他展现形式，就可以做出各种美美的图片啦~

5、GOOD LUCK！

 当然STAMP的功能远非如此，也可以输入qiime，mothur等聚类后的数据直接导入分析，这次俺就只是抛砖引玉啦，更多好用的功能，欢迎大家使用后投稿一起分享~

PS: 小霸王葱少爷看到这，一脸不屑的说，“不就是个小软件嘛，比我们R差远啦。” 

好吧俺承认，虽然功能不如R强大，但也总有需要的人嘛~ 如果大家看到这，觉得有用话，欢迎多多在左下角点赞，让葱爷知道

“STAMP也有自己的天空！！！”