临床案例 | 宏基因组二代测序（mNGS）快速准确诊断亚洲诺卡菌引起的脑脓肿

引言

2021年1月，福建医科大学附属协和医院神经内科叶钦勇主任和黄天文主任团队在《European Journal of Neurology》（IF 6.089）上发表了一篇病例报道。一名左乳腺癌切除、糖尿病且连续7个月间断咳嗽发烧的61岁妇女，在住院期间，突发意识丧失，行脑磁共振成像（MRI）诊断为脑脓肿和脑部病变。为了治疗脑脓肿并识别相关病原体，予患者行颅内肿块切除术，由于无法从脓液中培养出任何微生物，最终将脓肿切除标本行萋-尼氏抗酸染色呈阳性，并进行华大mNGS检测，检出亚洲诺卡菌，明确诊断为亚洲诺卡菌引起的脑脓肿。最终该病例予利奈唑胺和复方新诺明后成功治愈。

病史

一名61岁左乳房癌切除并有糖尿病病史的妇女，主诉连续7个月出现咳嗽和发烧，遂收入福建医科大学附属协和医院神经内科治疗。

入院治疗第三天，突发意识丧失

入院治疗的第三天，该名患者突发意识丧失，从脑磁共振成像（MRI）检测中，可以在右侧前颞叶中发现水平、冠状和矢状位增强的T1加权图像环形增强病变。结合患者发烧病史和MRI表现，提示颞叶病变为脓肿。

精准诊断之阻-血培养阴性

患者血培养结果为阴性，按经验性治疗予以利奈唑胺和美洛培南抗感染治疗，并予甘露醇减轻患者脑组织水肿。两天后，患者恢复正常意识，但经过约两周治疗，病变部位MRI扫描并没有明显变化。

精准诊断之路-染色&mNGS确诊

为了治疗脑脓肿并识别相关病原体，予患者行颅内肿块切除术，明显发现脓肿中含有脓液和炎性细胞，但脓液培养呈阴性，无法培养出任何微生物。通过对脓肿切片进行萋-尼氏(Ziehl-Neelsen)抗酸染色并对脓液进行华大mNGS检测，最终萋-尼氏抗酸染色呈阳性，华大mNGS检出亚洲诺卡菌6060条reads，明确诊断为亚洲诺卡菌引起的脑脓肿。

图1. 患者脓液样本mNGS检出亚洲诺卡菌

图2.该报告测序数据质量

图3. mNGS生信分析（图A）从mNGS中获得了总共32,622,435（32M）条reads，其中66,745条与微生物匹配；（图B）其中12,151条与细菌匹配（占微生物reads的18.21％）；（图C）其中10,118条与亚洲诺卡菌匹配（占细菌reads的83.27％），而严格比对reads为6060。 

图4. 脓肿边缘的Ziehl-Neelsen染色，显示出许多抗酸细菌。

鉴于亚洲诺卡菌的耐药性，采用了经验性抗菌药物TMP-SMX（0.2 q12h)）联合利奈唑胺（0.6 q12h）治疗。治疗3个月后脓肿消退。后续MRI显示病变完全恢复。该患者后续继续接受了9个月的TMP-SMX口服治疗，每月一次复诊。在一年后的随访检查中，患者已经完全康复，并无任何先前症状。

图5. 在不同时间点的大脑图像动态变化，包括意识丧失，手术前，手术后和手术后3个月

结论

本病例是第一例利用萋-尼氏(Ziehl-Neelsen)抗酸染色及mNGS检测快速准确进行中枢神经系统（CNS）诺卡菌病诊断以及成功治疗 CNS 诺卡菌病的病例。

通过本病例，作者发现萋-尼氏(Ziehl-Neelsen)抗酸染色及mNGS检测的联合应用是一种精准诊断病原体的方法。

亚洲诺卡菌

亚洲诺卡菌(N.asiatica)自2004年被命名以来,逐渐从临床感染病例中被分离,可引起呼吸道感染、皮肤感染及结肠黏液囊炎。与星形诺卡菌和巴西诺卡菌相比，亚洲诺卡菌很少引起脑脓肿。

尽管诺卡菌在临床表现上没有差异，但mNGS可在诺卡菌的种水平上进行快速和明确的诊断，为一些疑难、罕见、复杂的感染性疾病提供及时精准的诊断。

参考文献

Huang T,Chen Y,Zhang J et al. Rapid and accurate diagnosis of brain abscess caused by Nocardia asiatica with a combination of Ziehl-Neelsen staining and metagenomics next-generation sequencing.[J] .Eur J Neurol, 2021, 28: 355-357.

关注唯菌论，了解更多资讯