给力！MGISEQ-200助力泰国Bamrasnaradura传染病研究所确诊新冠疑似病例
"MGISEQ-200, one of the DNBSEQ platform, helped us to fight against COVID-19 in terms of ultra-high sensitivity detection of complex infections, virus mutation monitoring, tracing, pathogenesis, prediction, and assistance in clinical treatment."
——Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute, Department of Disease Control, Thailand
我们利用MGISEQ-200全面对抗COVID-19，包括复杂传感染疾病的超高敏感性检测、病毒变异监测和追踪、病毒的致病机制研究和预测、临床治疗辅助诊断等。
随着全球疫情防控工作快速有效的展开，泰国境内累计确诊新冠病毒肺炎病例目前控制在3000例左右。泰国公共卫生部疾病预防控制局Bamrasnaradura传染病研究所（Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute，Department of Disease Control, Thailand，以下简称BIDI）参考中国方案，采用RT-PCR核酸检测技术和高通量测序技术相结合的方法，对当地新冠疑似病例进行了确诊，并展开了后续研究和分析。其中，BIDI所采用的高通量测序平台，正是基于华大智造MGISEQ-200及其配套的病原快速鉴定系统PFI（Pathogen Fast Identification）而展开。
在新冠疫情防控工作的前期，BIDI主要采用RT-PCR进行新冠病毒核酸检测，但遇到了一些难以确诊的新冠疑似样本，比如RT-PCR检测结果的Ct值位于检测灰区内。为提高确诊能力，BIDI引入了高通量测序技术。在华大智造技术工程师的实地培训与指导下，BIDI利用MGISEQ-200及PFI鉴定系统，针对疑似样本迅速展开了基于高通量测序技术的病毒检测。
图1 华大智造技术专家为BIDI工作人员提供培训
通过基于MGISEQ-200的高深度宏基因组测序，BIDI实现了快速确诊。在送检样本中，各种极端样本情况都会出现，比如：个别样本 Ct值高达39.47，接近RT-PCR检测临界值；也有部分样本第一次RT-PCR检测呈阴性，第二次呈阳性。
在极端样本的确诊过程中，BIDI利用MGISEQ-200对2例疑似样本进行了高深度宏基因组测序，共产生429.1M reads，Q30达90%。下机数据自动传输至PFI鉴定系统进行分析。
图2 MGISEQ-200下机数据Q30>90%
在PFI鉴定系统中点击“报告查看”，结果显示：在这两例疑似样本中检测到的新冠病毒reads分别为21条和9条。
图3 华大智造PFI系统分析报告（节选）
实践表明：对于低病毒载量或痕量病毒载量的样本，宏基因组测序具有相对优势，可以提高灵敏度，减少假阴性，实现与RT-PCR的重要互补。
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