用户分享 | 华大智造DNBSEQ-G99新冠测序助力超大型城市的疫情应对
今年以来，奥密克戎变异毒株主导的新一轮疫情在全球迅速扩散，当前仍然呈现高位运行的态势。“防患于未然”，全力筑牢疫情防控坚固防线，牢牢守住不发生规模性疫情底线，能够最大程度减少疫情对经济社会发展的影响。10月24日，深圳市疾病预防控制中心实验室负责人吕子全博士表示，“通过测序来明确传播链，能够确保及时'斩链'、遏制病毒传播。”
牢牢守住不发生规模性疫情的底线
高质量完成疫情应急使命
城市是各种资源和要素最集中的地方，重大新发突发传染病疫情一旦发生在城市，往往波及面广、扩散快、防控难度大，具有高度的复杂性和难以预测性。“科学精准”是超大型城市疫情应对的刚需，对疫情的精准识别是关键。吕子全博士补充道：“对于疾控中心在疫情中应急使用，测序平台的稳定性非常关键。G99的测序稳定性非常好，我们跑了42张测序载片，平均Q30%>93.15%。”
对1000+新冠样本的测序数据进行统计分析，结果表明：G99实测数据产出高于预期（平均产量112M reads，>80M reads），每张载片的下机数据达标率>97.62%（41/42)、测序稳定性好，数据质量高。
单/双载片灵活上机，成本可控
在每一轮疫情的应对中，大家都非常关注超大型城市的单日新增感染者数量。从突发到爆发高达峰值的几十例、几百例稳步下降至个位数，每一例复核确诊的新冠阳性样本，都可以通过测序技术进行病毒基因的溯源分析，从而确定传播链条以及明确疫情感染者间的传播代际关系。
G99配备双载片测序平台，支持单载片上机、双载片同时上机、双载片滚动上机，以及混合读长的双载片混动上机测序等多种测序模式，可以更轻松地应对不同时间节点、不同读长的测序需求，可以满足疫情期间样本随时来、随时测的需求，样本量多的时候不需要等待排队上机，样本量少的时候也不会带来一次开机成本过高的资源浪费。
内置分析系统，自动出分析结果
新冠样本的溯源过程包括样本的准备、文库的构建、测序和生物信息学分析等步骤，每个步骤之间要求工作人员“无缝连接”。与样本收集、数据管理等工作相比，对疫情应对人员而言，快速掌握测序和生信分析的技能，是更具挑战性的。“我们中心目前是采用华大智造MGISP-960进行测序文库的自动化构建。”吕子全博士介绍道，“建库之后的测序和分析都可以直接在G99测序仪上完成，包括病毒分型、覆盖率、变异位点、相对于参考株的变异位点等关键信息。”
早识别、早预警、早发现、快应对
废水监测是追踪病毒在城市中悄然传播的重要工具，特别是在低流行率的环境中，可以发现未被识别的携带者，并作为疫情传入或流行率变化的“早期预警”系统。吕子全博士表示，“从数据来看，对于高CT值样本以及模板质量一般的环境样本，如冻品、污水等，G99的测序数据质量表现优秀，测序覆盖度可达99.5%。”
延续DNBSEQ测序平台的核心技术优势，G99在数据质量方面保持了一如既往的数据准确度高、数据利用率高等特点，能够通过污水测序准确识别新冠病毒，可进一步用于废水测序、长期的疫情监测以及应急情况下的社会面散发病例的快速识别。
超大城市能否在理论上和实践上高效统筹疫情防控和经济社会发展，努力用最小代价实现最大的防控效果，最大限度减少疫情对经济社会发展的影响，已经成为当前我国疫情防控中的突出问题。既能满足时效性又能满足通量变化的G99，为新冠测序提供了一把“利刃”，为超大型城市的疫情应对提供了“深圳答卷”。