连续入驻数十家生态伙伴！DNBSEQ-T7全方位赋能大人群、细胞组学、时空组学等多领域应用

近月来，华大智造高通量旗舰机DNBSEQ-T7连续被引进上海脑科学与类脑研究中心、南澳基因组学中心、诺禾致源、柯信医学、百迈客、序祯达等数十家生态伙伴，彰显“超级生命计算机”的硬核产品力。性能全面提升后的DNBSEQ-T7以更快的测序速度、更高的测序通量以及更佳的数据表现，全方位赋能大人群、细胞组学、时空组学、医学科研、微生物、农业等多领域应用。

DNBSEQ-T7支撑发布多篇顶级期刊文章（部分）

截至2023年12月31日，华大智造DNBSEQ-T7超高通量基因测序仪支撑用户发表文章数量已累计超过400篇，其中不乏The Lancet (IF=202.731), Nature（IF= 45.16），Nature Biotechnology（IF= 31.86）, Cell (IF=66.85), Cell Research（IF= 46.297）等顶级期刊，10分以上文章超过50篇，总影响因子2000+。

DNBSEQ-T7支撑发文逾400篇!

全方位赋能各大领域应用

DNBSEQ-T7测序仪被誉为“超级生命计算机”，是全球日生产能力最强的基因测序仪之一。作为一款高效灵活的测序系统，DNBSEQ-T7支持PE100和PE150测序读长，支持1~4张载片灵活上机，独立运行。它超强的日生产能力使其广泛适用于全基因组测序、全外显子组测序、多组学、医学科研、农业基因组学、复杂微生物群落宏基因组学、生物多样性研究等领域。

去年，华大智造对DNBSEQ-T7测序仪的生化、流体及光学系统进行了全面优化，升级后的DNBSEQ-T7最快可在24小时内生成至少7Tb的数据，单张载片有效reads数提升到了5800M，搭配4联载片平台、高通量测序试剂盒V3.0并适配华大智造一站式工具包，每年可测序超过14,000个人类全基因组。

目前，DNBSEQ-T7已在全球范围内参与支撑了大人群基因组学、细胞组学、时空组学研究，并为医学科研、微生物和农业等创新应用领域提供关键支撑。作为DCS Lab中的“测序担当”，随着更多DCS Lab 的陆续落地，DNBSEQ-T7将在未来助力实现更多的创新突破和科研成果产出。

上海脑科学与类脑研究中心DCS Lab中的DNBSEQ-T7测序仪

海内外用户点评DNBSEQ-T7：

极致交付、高质量、低成本！

大人群和时空组学领域

澳洲 南澳基因组学中心（SAGC）

南澳基因组学中心经理 王森博士

华大智造DNBSEQ-T7超高通量基因测序仪能为我们带来更深入、更快、更准确的测序体验，极大地提升了研究人员的科研能力。DNBSEQ-T7的正式加入使我们能够以更低的成本开展大规模基因组学研究，包括大人群基因组研究和时空组学(STOmics)等新兴技术的研究。

肿瘤领域

美国 加州安可济集团（AccuraGen）

集团CEO George Cardoz

安可济集团长期致力于通过分子诊断的技术创新，希望彻底改变目前癌症治愈率低的现状，让更多癌症患者被尽早诊断，获得精准治疗。我们将基于DNBSEQ的测序技术和DNBSEQ-T7RS高通量测序仪与AccuraGen的专有分析技术相结合，我们十分期待看到本次合作带来更精彩的碰撞。

微生物领域

瑞典 卡罗林斯卡医学院微生物转化研究中心

研究中心主任 Lars Engstrand教授

我们非常关注测序数据的质量、成本及时间。在将华大智造的DNBSEQ平台与其他测序技术进行对比后，我们相信MGI的产品已经达到了很高的行业标准，也有很好的用户体验。华大智造的平台使我们可以将微生物研究方案从16SrRNA升级为宏基因组测序的方式。我期待伴随人体微生物组在精准医学中扮演越来越重要的角色，能够引进更多优质、超高通量的设备进行赋能。

农业领域

中国 华中农业大学

动科动医学院院长 赵书红教授

我们自主开发的高效液相基因芯片技术，结合华大智造的DNBSEQ-T7测序仪，实现了液相基因芯片技术全流程国产化，打破了国外固相基因芯片技术垄断。目前已开发的80K功能位点基因芯片在扬翔、中粮、海大、金旭等多家生猪育种龙头企业中开展使用。

*注：以上内容整理汇总自公开资料

DNBSEQ-T7应用案例

截至2023年12月31日，华大智造DNBSEQ-T7超高通量基因测序仪支撑用户发表文章数量已累计超过400篇，各大应用领域都有涉及，小编从中选取了12个案例与大家分享如下。

应用案例1：群体基因组学

发表期刊：Cell Research

发表机构：浙江大学医学院附属第四医院，浙江大学医学院附属妇产科医院等

文库类型：WGS, mRNA

样本：全血样本

文章结论：本文研究了来自中国汉族男性个体（CN1）的完全定相且注释良好的二倍体人类基因组，其中两个单倍体的组装达到了端粒到端粒（T2T）水平。该二倍体基因组与 CHM13 单倍体 T2T 基因组的比较分析揭示了着丝粒的显著变化。在着丝粒之外，研究发现11,413 个结构变异，其中包括许多新变异。研究还检测到数千个积累了高替代率的CN1等位基因，以及一些在东亚人群中受到正向选择的等位基因。华大智造DNBSEQ-T7在本研究中承担了人类全基因组和白细胞DNA/RNA的测序工作。

应用案例2：细胞组学

发表期刊：iScience

发表机构：首都医科大学宣武医院，中国国际神经科学研究所（CHINA-INI），中国医学科学院北京脑疾病研究所等

文库类型：单细胞文库

样本: 大鼠

文章结论：脊髓空洞症是一种与脑脊液流动相关的常见临床病变。通过慢性硬膜外压迫的可逆模型来模拟人类小管空洞症，本研究探索了空洞发育过程中的时空病理变化。作为对神经炎症的反应，在室管膜细胞（EPC）、少突胶质细胞谱系和小胶质细胞中观察到最动态的变化。在不同细胞类型中，EPC亚型经历了明显的动态变化，伴随着超微结构的变化，包括室管膜细胞骨架、纤毛和主要围绕中央管的实质的动态损伤，与单细胞转录相对应。华大智造DNBSEQ-T7在本研究中承担了单细胞RNA-Seq的工作。

应用案例3：时空组学&细胞组学

发表期刊：Computational and Structural Biotechnology Journal

发表机构：中国科学院大学生命科学学院，华大基因等

文库类型：时空转录组文库，单细胞文库

样本: 小鼠肝脏

文章结论：肠-肝轴是肠道和肝脏之间复杂的双向通讯通路，其中微生物及其代谢物从肠道通过门静脉流向肝脏并影响肝功能。在无菌环境中，肝脏的表型或功能会发生改变，但很少有研究调查微生物对肝脏的特定细胞和分子影响。本研究构建了无菌（GF）和无特定病原体（SPF）小鼠肝脏的单细胞和空间转录组图谱。利用DNBSEQ-T7进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq），结果显示，GF小鼠肝脏中大多数免疫细胞的比例发生了变化；特别是，GF 小鼠中的自然杀伤 T (NKT) 细胞、IgA 浆细胞 (IgAs) 和肝巨噬细胞 (KCs)显著减少。空间组学测序（Stereo-seq）证实微生物介导肝巨噬细胞 (KCs)在汇管周围区的积累。这项研究对于了解宿主与微生物群的相互作用具有重要价值。

应用案例4：生育健康

发表期刊：American Journal of Obstetrics and Gynecology

发表机构：南京市妇幼保健院

文库类型：WGS

样本: 胎儿羊水穿刺标本

文章结论：本研究旨在评估全基因组测序与常规产前诊断的染色体微阵列分析的准确性、有效性。其中利用DNBSEQ-T7进行全基因组测序（WGS），与染色体微阵列分析相比，全基因组测序将额外检出率提高了5.9%（11/185）。使用全基因组测序，我们不仅可以在可接受的周转时间内（3-4 周）高精度检测非整倍体和拷贝数变异，还可以检测单核苷酸变异、插入和缺失、三核苷酸重复扩增和外显子拷贝数变异。结果表明，全基因组测序有可能成为胎儿结构异常的一种新的有前途的产前诊断方法。

应用案例5：肿瘤防治

发表期刊：Frontiers in Endocrinology

发表机构：华中科技大学同济医学院附属同济医院等

文库类型：靶向捕获文库

样本：组织样本

文章结论：近几十年来，我国甲状腺癌的发病率迅速上升。由于不同地理区域之间甲状腺癌的基因谱差异很大，迫切需要了解中国人群甲状腺癌的全面基因图谱。本研究回顾性纳入了2015年2月至2020年8月期间来自三个中国医疗中心的甲状腺癌患者。使用1,021基因panel对肿瘤组织进行靶向测序，此过程用到了DNBSEQ-T7测序仪，最终分析患者的基因组图谱。结果揭示了中国人群甲状腺癌的分子发病机制和临床特征。在甲状腺癌的风险分层中应考虑体细胞突变的数量、TERT启动子突变和BRAF突变的克隆结构。

应用案例6：传染、感染 

发表期刊：Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

发表机构：郑州大学第三附属医院等

文库类型：WGS

样本：痰液和支气管肺泡灌洗液等

文章结论：本研究旨在评估使用mNGS技术检测痰液下呼吸道感染的诊断准确性。DNBSEQ-T7在本研究中承担了mNGS的工作。本研究收集了68例患者的配对痰液和支气管肺泡灌洗液样本，通过mNGS分别对67例痰液样本和64例支气管肺泡洗液样本进行病原体检测。痰标本和支气管肺泡灌洗液标本的联合病原检出率分别为80.90%和66.2%。

应用案例7：微生物

发表期刊：BMC Microbiology

发表机构：四川大学华西第二医院等

文库类型：WGS

样本：粪便

文章结论：早产是围产儿发病率和死亡率的主要原因。尽管有证据表明，母体微生物群失衡与早产风险相关，但微生物群紊乱与早产之间的关联机制仍知之甚少。本研究利用DNBSEQ-T7应用宏基因组学测序方法对43位母亲的80个肠道微生物进行分析，分析早产和足月母亲肠道微生物群落的分类组成和代谢功能。结果表明在怀孕期间早产母亲的微生物群α多样性下降，并经历了显著的重组。早产母亲中产生 SFCA 的微生物群，特别是毛螺菌科、瘤胃球菌科和真杆菌科物种显著减少。毛螺菌科及其属种是造成物种和代谢通路差异的主要细菌。

应用案例8：微生物

发表期刊：Nature Communications

发表机构：华大基因，华南理工大学等

文库类型：WGS

样本：粪便

文章结论：本研究提出了培养基因组参考(CGR)的大幅扩展版本，称为CGR2，提供了3324个高质量的基因组草图，这些基因组来自从健康中国人粪便样本中大规模培养的细菌分离株，利用DNBSEQ-T7对这些粪便微生物进行了全基因组测序。CGR2对来自8个门的527种(179种以前未确定)进行了分类，揭示了产气柯林斯菌的基因组和功能多样性。CGR2基因组与统一人类胃肠道基因组(UHGG)收集的126个宏基因组组装的基因组相匹配，并且含有3767个未鉴定的次生代谢物生物合成基因簇，为具有药物潜力的天然化合物提供了来源。

应用案例9：微生物

发表期刊：BMC Microbiology

发表机构：Al-Salam University, Tanta, Egypt等

文库类型：WGS

样本：粪便

文章结论：结直肠癌（CRC）是一个公共卫生问题，受到环境因素的影响，其中肠道微生物群发挥着重要作用。本研究利用DNBSEQ-T7对五名女性（四名 CRC 患者和一名健康对照）的粪便样本进行了测序，进而分析比较了结直肠癌患者与健康对照组的菌群组成，并确定结直肠癌患者中上调和下调的蛋白质和代谢物。在CRC患者中观察到肠道菌群失调，与健康对照组相比，肠道菌群多样性在所有分类水平上都有所增加。本研究表明，一些细菌种类、蛋白质和代谢物可用作 CRC 的诊断生物标志物。研究为使用多组学技术来解决肠道微生物群与结直肠癌之间的关系奠定了基础。

应用案例10：农业

发表期刊：Nature Genetics

发表机构：中国农业科学院作物科学研究所，中国科学院动物研究所等

文库类型：WGS

样本：高粱

文章结论：本研究介绍了516个世界范围内不同种类谷子基因组的遗传变异、群体结构和多样性。利用DNBSEQ-T7对由谷子种苗构建的Hi-C 文库进行测序，种群分析表明，驯化谷子起源于中国的野生祖先。基于32个代表性材料从头基因组组装构建了高粱泛基因组。分析表明，结构变异与转座元件高度相关，当转座元件位于编码区或调控区时，会影响基因表达。研究还发现与31个关键驯化和农艺性状相关的139个位点，包括候选基因和穗型结构的优越单倍型，如LG1。因此，本研究结果为开发基因组辅助育种计划提供了基础资源。

应用案例11：农业

发表期刊：Genes (Basel)

发表机构：西南大学等

文库类型：WGS

样本: 山羊

文章结论：繁殖性状是山羊的基本经济性状，是山羊育种的重要指标。本研究以我国具有优良繁殖性能的地方山羊品种大足黑山羊(n=150)为材料，对其繁殖性状的重要变异位点和基因进行筛选。利用DNBSEQ-T7对山羊进行全基因组重测序（Whole-Genome Resequencing），通过全基因组关联分析 (GWAS)发现18个SNPS与受孕性状(前3胎平均产仔数、前6胎平均产仔数)有关，10个SNP与乳房性状(乳房深度、乳头直径、乳头长度、乳头长度)有关。这些SNP和候选基因可以为山羊繁殖性状的改善提供有用的生物学信息。

应用案例12：农业

发表期刊：Frontiers in Plant Science

发表机构：安徽省农业科学院水稻研究所等

文库类型：WGS

样本: 水稻

文章结论：水稻抗旱性是一个复杂的数量性状，涉及到一系列的生物学和农艺学变量，但对其抗旱性的遗传和调控机制知之甚少。本研究以耐旱绿旱1号和矮籼1号杂交获得的120个重组自交系为材料。利用DNBSEQ-T7对水稻进行测序，在第一穗期对重组自交系进行干旱胁迫，研究不同条件下重组自交系16个农艺性状和生理性状的表型变化，并对抗旱指标进行全基因组关联分析。本研究在第2、6、7、8、9和10染色体上共检测到9个与干旱相关性状相关的数量性状位点（QTL）。

*点击【阅读原文】获取基于DNBSEQ平台的发文列表

·