查看原文
其他

SciFinderⁿ使用技巧 | 先导化合物发现攻略 I

CAS ACS美国化学会 2022-06-25

             



SciFindern是美国化学文摘社(CAS)基于用户需求、采用最前沿的技术研制的全新平台。SciFindern通过文献、物质、反应和产品供应商等内容和功能上的独特设计,极大地提高研究人员的检索效率。SciFindern检索技巧专栏会不定期提供检索小窍门,帮助您轻松、快速地获取所需信息。通过使用SciFindern,科学家将实现“更少检索,更多研究”(Less Search, More Research)。


先导化合物发现通常包括:同系物结构修饰;高通量筛选;基于蛋白结构的药物从头设计;基于构效关系的药物发现;药物重利用等等。*


SciFindern通过以上方法为先导化合物的发现与发展提供极大便利,接下来几期我们会介绍一些关于如上方法的具体操作技巧。


I. 同系物结构修饰


用以下2个案例介绍在SciFindern中怎样找到相应物质的结构同系物。


案例1

沙利度胺


Thalidomide


沙利度胺早期被用于镇静、催眠和治疗妇女孕期反应,随后被发现对孕妇的严重致畸作用而撤市,近年来人们又发现其具有抗炎、免疫调节,抗肿瘤等生理活性。那么在SciFindern中怎样找到沙利度胺的结构同系物呢?


获取沙利度胺结构同系物的检索策略

获取沙利度胺结构同系物的检索策略:首先在SciFindern的结构编辑中绘制沙利度胺的母核结构,然后在物质结果集中,通过适应症筛选沙利度胺的结构同系物(如同样也具有抗炎和免疫调节效果的来那度胺,以及其他具有药用潜力的候选分子等)。(本示例中的检索结果数量获得日期为:2020-1-15)



1

绘制母核结构,可以考虑略去非必要官能团

2

(可以)使用环锁定功能键去除结果中的并环结构

3

(可以)使用不确定键(虚线)获得饱和或不饱和的环系

4

检索

1

根据适应症进一步筛选结果

2

浏览结果集,可以发现沙利度胺的结构同系物,同样具备抗炎或免疫调节活性的成药: lenalidomide,pomalidomide等



案例2

喜树碱


Camptothecin


喜树碱及其衍生物是一类广谱抗癌药物。


获取喜树碱及其衍生物的检索策略

在SciFindern中使用“text+structure”的联合检索, 可以快速获得具有抗癌活性的喜树碱同系物结构,还可以进一步获取其衍生物制备反应等信息。(本示例中的检索结果数量获得日期为:2020-1-15)



1

选择Reference

2

输入关键文本词

3

绘制喜树碱母核结构

4

检索

通过“text+structure”检索获得的文献结果,文献的题目/摘要/Concept中会包含输入的文本,文献中的物质会包含所绘制的结构。


1

包含所绘制结构的精确结构的文献结果

2

包含所绘制结构的亚结构的文献结果

3

文献结果筛选选项

4

筛选文献后,点击get substance

1

用目标结构(喜树碱)筛选物质结果


1

用目标适应症筛选筛选物质结果

2

基于喜树碱母核结构,具有抗癌活性的物质结果集

3

点击获取反应


1

用目标结构(喜树碱)作为起始物,限定反应结果。查找如何从喜树碱合成喜树碱衍生物。


*Fischer, János et al. (2018) Successful drug discovery. Volume 3. Weinheim,Germany: Wiley-VCH.

SciFinder-n使用技巧

每周二首发 敬请期待


① 合成实验详情的获取

② 逆合成路线的获取——Retrosynthesis的使用

③ 与ChemDraw联用

④ 文献信息的获取

⑤ 专利信息的获取

⑥ 作者名/期刊名/机构名检索

⑦ 通过核磁谱图获得物质

⑧ 通过生物活性、靶点筛选物质

⑨ 马库什结构检索

⑩ 设置提醒

⑪ 获取物质信息

⑫ 结构编辑器

⑬ 手性化合物的检索

⑭ 同位素化合物的检索

⑮ 获取制剂(配方)信息

⑯ 片段结构的物质检索

⑰ 布尔逻辑运算符在文献检索中的应用

⑱ 利用专利号进行检索

⑲ 获取化学品供应商信息

 将物质结果导出为可编辑的结构数据文件

㉑ 特定反应类型的获取及指定反应信息来源

 Combine的应用

㉓ 相似反应的获取

 直接在结构中绘制氢的同位素D和T原子

㉕ 预测逆合成路线设计工具


如您对SciFindern其他方面的使用技巧感兴趣,欢迎与我们联系:邮箱: china@acs-i.org。


Copyright © 2020  CAS, a division of American Chemical Society


长按下面二维码关注“ACS美国化学会"


点击“阅读原文” Click 'Read more'

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存