SciFinderⁿ使用技巧 | 先导化合物发现攻略 I
SciFindern是美国化学文摘社(CAS)基于用户需求、采用最前沿的技术研制的全新平台。SciFindern通过文献、物质、反应和产品供应商等内容和功能上的独特设计,极大地提高研究人员的检索效率。SciFindern检索技巧专栏会不定期提供检索小窍门,帮助您轻松、快速地获取所需信息。通过使用SciFindern,科学家将实现“更少检索,更多研究”(Less Search, More Research)。
先导化合物发现通常包括:同系物结构修饰;高通量筛选;基于蛋白结构的药物从头设计;基于构效关系的药物发现;药物重利用等等。*
SciFindern通过以上方法为先导化合物的发现与发展提供极大便利,接下来几期我们会介绍一些关于如上方法的具体操作技巧。
I. 同系物结构修饰
用以下2个案例介绍在SciFindern中怎样找到相应物质的结构同系物。
案例1
沙利度胺
Thalidomide
沙利度胺早期被用于镇静、催眠和治疗妇女孕期反应,随后被发现对孕妇的严重致畸作用而撤市,近年来人们又发现其具有抗炎、免疫调节,抗肿瘤等生理活性。那么在SciFindern中怎样找到沙利度胺的结构同系物呢?
获取沙利度胺结构同系物的检索策略
获取沙利度胺结构同系物的检索策略:首先在SciFindern的结构编辑中绘制沙利度胺的母核结构,然后在物质结果集中,通过适应症筛选沙利度胺的结构同系物(如同样也具有抗炎和免疫调节效果的来那度胺,以及其他具有药用潜力的候选分子等)。(本示例中的检索结果数量获得日期为:2020-1-15)
1 | 绘制母核结构,可以考虑略去非必要官能团 |
2 | (可以)使用环锁定功能键去除结果中的并环结构 |
3 | (可以)使用不确定键(虚线)获得饱和或不饱和的环系 |
4 | 检索 |
1 | 根据适应症进一步筛选结果 |
2 | 浏览结果集,可以发现沙利度胺的结构同系物,同样具备抗炎或免疫调节活性的成药: lenalidomide,pomalidomide等 |
案例2
喜树碱
Camptothecin
喜树碱及其衍生物是一类广谱抗癌药物。
获取喜树碱及其衍生物的检索策略
在SciFindern中使用“text+structure”的联合检索, 可以快速获得具有抗癌活性的喜树碱同系物结构,还可以进一步获取其衍生物制备反应等信息。(本示例中的检索结果数量获得日期为:2020-1-15)
1 | 选择Reference |
2 | 输入关键文本词 |
3 | 绘制喜树碱母核结构 |
4 | 检索 |
通过“text+structure”检索获得的文献结果,文献的题目/摘要/Concept中会包含输入的文本,文献中的物质会包含所绘制的结构。
1 | 包含所绘制结构的精确结构的文献结果 |
2 | 包含所绘制结构的亚结构的文献结果 |
3 | 文献结果筛选选项 |
4 | 筛选文献后,点击get substance |
1 | 用目标结构(喜树碱)筛选物质结果 |
1 | 用目标适应症筛选筛选物质结果 |
2 | 基于喜树碱母核结构,具有抗癌活性的物质结果集 |
3 | 点击获取反应 |
1 | 用目标结构(喜树碱)作为起始物,限定反应结果。查找如何从喜树碱合成喜树碱衍生物。 |
*Fischer, János et al. (2018) Successful drug discovery. Volume 3. Weinheim,Germany: Wiley-VCH.
SciFinder-n使用技巧
每周二首发 敬请期待
如您对SciFindern其他方面的使用技巧感兴趣,欢迎与我们联系:邮箱: china@acs-i.org。
Copyright © 2020 CAS, a division of American Chemical Society
长按下面二维码关注“ACS美国化学会"
点击“阅读原文” Click 'Read more'