学习R语言，从这一课开始

临床医生和科研人员学习数据分析和数据挖掘最好从R语言开始。

学习R语言就要有一个顺手的环境。 

实际上，如果对于个人而言，安装软件和R包简直就是顺风顺水，毫无难度。

问题在于，培训之前我们是不知道学员水平的，要做一个稳健可靠的远程指导很不容易。

我们曾经录制过一期课前培训，专门解决R语言环境配置的问题。

这个视频和文档已经接受过大概300人的检验，十分稳健有效，适合各种水平层次的学生。

但是，最近bioconductor上的R包，安装方式改变了。如果不知道看看洲更的帖子。

我又重新录制了视频，编写了新的文档。一样的稳健有效。

以下是完整的文档。

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3. ### 作者：果子

4. ### 更新时间：2018-11-13

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8. ### 第一步,设置安装位置的权限

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11. ## 查看R包安装的位置，并设置权限

12. .libPaths()

13. #如果只出现一个地点，也是正常的。

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16. ### 第二步,安装CRAN上的R包

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19. ### 设置镜像

20. if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

21. ### 正式安装

22. ## 运行以下程序，这个if语句会检测你的环境，如果没有那个R包才会自动帮你装

23. ## 如果已经安装了，他会自动不装，所以，这些语句可以反复运行！不要怕点错。

24. ## 成功会提示载入需要的程辑包：XXX，console里面出现>符号，并且没有出现报错(如果是warning不用管)

25. ## 如果出现：不存在叫‘XXX’这个名字的程辑包，那就把那一句再运行一次

26. if(!require("tidyr")) install.packages("tidyr",update = F,ask = F)

27. if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr",update = F,ask = F)

28. if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2",update = F,ask = F)

29. if(!require("data.table")) install.packages("data.table",update = F,ask = F)

30. if(!require("ggrepel")) install.packages("ggrepel",update = F,ask = F)

31. if(!require("devtools")) install.packages("devtools",update = F,ask = F)

32. if(!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap",update = F,ask = F)

33. if(!require("ggfortify")) install.packages("ggfortify",update = F,ask = F)

34. if(!require("stringr")) install.packages("stringr",update = F,ask = F)

35. if(!require("survival")) install.packages("survival",update = F,ask = F)

36. if(!require("survminer")) install.packages("survminer",update = F,ask = F)

37. if(!require("glmnet")) install.packages("glmnet",update = F,ask = F)

38. if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr",update = F,ask = F)

39. if(!require("tibble")) install.packages("tibble",update = F,ask = F)

40. if(!require("cowplot")) install.packages("cowplot",update = F,ask = F)

41. if(!require("timeROC")) install.packages("timeROC",update = F,ask = F)

42. if(!require("survivalROC")) install.packages("survivalROC",update = F,ask = F)

43. if(!require("randomForest")) install.packages("randomForest",update = F,ask = F)

44. if(!require("Hmisc")) install.packages("Hmisc",update = F,ask = F)

45. if(!require("jsonlite")) install.packages("jsonlite",update = F,ask = F)

46. if(!require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot",update = F,ask = F)

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49. ### 第三步,安装Bioconductor上的R包

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52. ### 以之前的方式安装这个包，这个包是安装bioconductor包的基础

53. ## CRAN

54. if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

55. if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)

56. ### 注意！！！如果跳出选项问你是否updata, 点击yes

57. ### 设置镜像

58. if(length(getOption("BioC_mirror"))==0) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

59. ### 正式安装

60. ## 运行以下程序，这个if语句会检测你的环境，如果没有那个R包才会自动帮你装

61. ## 如果已经安装了，他会自动不装，

62. ## 所以，这些语句可以反复运行！不要怕点错。

63. ## 成功会提示载入需要的程辑包：XXX，console里面出现>符号，并且没有出现报错(如果是warning不用管)

64. ## 如果出现：不存在叫‘XXX’这个名字的程辑包，那就把那一句再运行一次

65. if(!require("limma")) BiocManager::install("limma",update = F,ask = F)

66. if(!require("Biobase")) BiocManager::install("Biobase",update = F,ask = F)

67. if(!require("caret")) install.packages("caret",update = F,ask = F)

68. if(!require("IRanges")) BiocManager::install("IRanges",update = F,ask = F)

69. if(!require("DO.db")) BiocManager::install("DO.db",update = F,ask = F)

70. if(!require("GO.db")) BiocManager::install("GO.db",update = F,ask = F)

71. if(!require("fgsea")) BiocManager::install("fgsea",update = F,ask = F)

72. if(!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler",update = F,ask = F)

73. if(!require("GEOquery")) BiocManager::install("GEOquery",update = F,ask = F)

74. if(!require("hugene10sttranscriptcluster.db")) BiocManager::install("hugene10sttranscriptcluster.db",update = F,ask = F)

75. if(!require("DOSE")) BiocManager::install("DOSE",update = F,ask = F)

76. if(!require("RTCGA.clinical")) BiocManager::install("RTCGA.clinical",update = F,ask = F)

77. if(!require("bladderbatch")) BiocManager::install("bladderbatch",update = F,ask = F)

78. if(!require("sva")) BiocManager::install("sva",update = F,ask = F)

79. if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2",update = F,ask = F)

80. if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR",update = F,ask = F)

81. ## 至此，我们完成了课堂需要的所有准备工作。

82. ### 我们课上见。

针对于windows用户，我们还提供了更加无脑的方式，在视频教程里面。

这是资料：

这是里面的视频

视频和配套资源也是免费获取。

如果需要，加我微信即可，需要简单介绍一下自己。

最后，讲个不大不小的事情。

自从我关闭了赞赏以后，居然有一票朋友在后台喊我打开。

那我就开一次，给那些无处宣泄财富的朋友一个出口。

我在生信技能数，生信媛，Y叔那里也是有赞赏记录的，有时候都是排名前几名，如果他们做过统计的话。最终的结果是，我加上了他们的微信，成就了一段段良缘(这个复词用的真好)。

但是希望各位不要有任何压力，不要怕我光板，实在看不下去的时候，the rock of our family, the love of my life, 我妻子会来救场的，要知道，她是这个公众号赞赏最多的读者。

而我也顺利地加上了她的微信，现在我们有一个两岁的女儿。