Cell| 新研究揭示人类微生物组蕴含独特的RNA类病毒Obelisks

RNA病毒（如Riboviria）因其独立编码的复制酶而成为病毒发现的主要目标，而类病毒样（如类肝炎D型病毒）和类病毒卫星则利用真核宿主的RNA聚合酶进行复制，因而它们的基因组小巧，往往在350到1.7 kb之间，代表了生物信息传递的极限。然而，迄今为止，类病毒和其近似结构在已知生物体中相对稀少，主要分布于植物中。近年来，随着对具有类似核酶特征的环状基因组RNA的筛查，越来越多的类病毒在植物以外的生物组中被发现。这些研究开启了探索未知RNA分子的窗口，尤其是在人体微生物组中。

2024年10月30日，美国斯坦福大学Andrew Z. Fire团队在Cell杂志上发表了题为Viroid-like colonists of human microbiomes 的文章。该研究发现了一类名为“方尖碑（obelisks）”的新可遗传RNA元件。该元件广泛分布于全球不同环境和人体的微生物组中，具有潜在的生物学意义。

研究者从iHMP宏基因组测序数据中挖掘发现了大量类病毒，发现存在全新的一大类类病毒序列，命名为obelisks。研究者发现obelisk RNA基因组约1kb，编码2个独特的蛋白，具有全新的折叠方式。进一步分析发现obelisk广泛存在于口腔和粪便样本中，研究者进而确定了口腔微生物链球菌（Streptococcus sanguinis）是特定Obelisk的宿主。

这篇研究为我们揭示了微生物组中那些一直“隐形”的RNA元素，并为未来微生物组学、病毒学和基因组学的跨学科探索提供了重要的研究思路。

文章转载自枫林糖话，作者Ivan