UCSC的使用方法（一）

UCSC是生物领域里常用的数据库之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护，主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息。UCSC里也包括了一系列的分析工具，帮助用户浏览基因信息、查看已有基因组注释信息和下载基因序列等。

在生物信息分析过程中，有时会需要fasta、GTF或BED等格式的数据文件，而UCSC是这些文件的主要下载来源之一。本文主要以人的基因组信息为例讲述如何在UCSC上下载想要的数据库和交叉数据库。

UCSC主界面如图所示，我们找到Table Browser点击进入。

在Table Browser里，我们选定人的基因组，采用最新的GRCh38版本，然后再选择Gene and Gene Predictions里的NCBI RefSeq作为想要导出的本地数据库。在导出格式里，我们选择了比较常用的BED格式，然后点击get output。

在Create one BED record per下面有一些选项，比如这里默认是Whole Gene，当然我们也可以选择启动子区域、外显子加周边区域、5' UTR区域、3' UTR区域等生成我们想要的BED文件。

UCSC除了可以提供种类繁多的单一数据库下载外，还可以下载交叉数据库。

比如我们要在此次人类参考基因组下载的基础上，下载一个人类参考基因组和lincRNA数据库交叉的数据库，我们首先在第二张图的条件的基础上，点击intersection的create进入。

我们同样需要在Gene and Gene Predictions里找到lincRNA RNA-Seq数据库，点击submit。

后续的事情和下载单一数据库一样，到这里我们就成功下载两种数据库的交叉数据库了。

后续，我们还将会为大家带了UCSC的其他使用方法 ^_^