看了这个你就会画热图了

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1热图绘制--Excel

绘制热图的软件或方法有很多，如Excel、R语言、HemI、Python、MATLAB等，各具特点或优势。Excel最简单，界面操作容易上手，不过功能没有可操作性强的R语言、Python等强大；R、Python、MATLAB有更多参数可根据需要进行设置，效果优于Excel；HemI功能介于Excel和R之间。本期就先介绍使用Excel实现热图绘制。

首先准备好数据集（二维矩阵），试验数据集是对十个样本（SP1-SP10）分别四个处理（CK，T1，T2，T3）得到的效应值。虽然直接观察可以发现最优处理或者品种，但不够直观。将数据绘制成单维的柱形图或箱式图也是一种常见选择，但比较不同处理的效果，就需要忽略同处理样本间差异，即计算样本的平均值和方差，失去了样本特异性等个体特征。热图可以更加直观将数据可视化，同时保留二维数据信息。

数据集内容

1. 选中数据集→开始→条件格式→色阶→其他规则

选择规则类型：一般是基于各自值设置所有单元格格式，也可以根据实际选择对部分数据集设置格式。

格式样式默认双色刻度，即初值和终值各对应一种颜色，介于初值和终值之间的值颜色介于初色和终色之间。可手动设置最高值（数字、百分比）和最低值，也可以选择初值色和终值色。

2.去除数字

想要去除数字不可以直接通过清楚表格内容，因为颜色是根据数值确定的，一旦数字被清除，对应颜色也就没了，因此只能将数字颜色隐藏。

选中数据集，设置单元格格式，数字分类自定义，在类型中输入英文状态下的三个分号，即“;;;”，确定。此时数字值已经被隐藏。

3.调整单元格轮廓线及高宽比

将高、宽设置成适当比例，比如设置成高宽相等。

还是有点奇怪。其他表格填充全白，调整轮廓线。

4.其他格式：

三色刻度+数据条+图标集

不同类型的图标集

2热图绘制--Heatmap Illustrator

HemI功能很单一，就是画热图。

下载地址：

http://hemi.biocuckoo.org/down.php

提供windows/Linux/Mac版

下载完成后，一路next安装好。

1.导入数据

支持导入文件格式有xls(97-2003Excel)，csv(逗号分隔)，txt(制表符Tab分割)，xml(HemI工程文件)，常见的是xls格式。

LOAD或file→load导入文件。

有多个Sheet的表格一次只能导入一个sheet，选择要导入的sheet。

2.选择数据

一般直接Auto select，X/Y-axistitle打上勾，否则没有坐标轴文字部分。如有空格，默认会变成黑色，如果觉得不好看，设置空格颜色。Finish。

3.生成热图

如上所示。颜色不好看，Set更换颜色。

同Excel的三色刻度和双色刻度，设置初色和终色，或中间色。

设置完成后，点“REFRESH”更新热图。

4.调整坐标轴字体、字号、方向等，画布大小、留白大小，选择需要聚类的列或行。

默认数据归一化参数为Linear，对于数值差距比较大的情况，可在option→Statistic设置为log对数参数；

默认聚类方法是Average Linkage，可在option→Statistic换成别的参数。

调整好各项参数后，得到最后的热图。

5.导出热图，file→export image，png,jpg和tiff三种格式，tiff分辨率最高（600dpi）

3热图绘制--R (Pheatmap)

1.在R中安装并加载pheatmap包及其相应的依赖包。

2.加载数据

一般文件转换成csv（逗号分隔）或者txt（制表符分隔）格式

2017/8/28

MONDAY

> data<-read.csv(‘heatmap.csv’,header=T)

or

> data<-read.table(‘heatmap.txt’,header=T)

header参数确定数据文件第一行是不是标题。

F表示第一行不是标题，T表示第一行是标题，数据从第二行开始，默认是T。

3.默认参数，绘制热图

> pheatmap(data)

默认参数：

行列聚类（cluster_row=TRUE, cluster_col=TRUE; 设置treeheight_row=0,treeheight_col=0隐藏进化树，或直接不进行聚类cluster_row=FALSE,cluster_col=FALSE）；

矩阵不进行标准化（scale=”none”，可设置为“row”“column”标准化）；

默认小块之间灰色分隔（border_color=”grey60”，没有border可设置为“none”或其他颜色）；

legend显示在右上方（legend=“TRUE”，可设置legend=“FALSE”不显示legend)

4.参数调整，优化热图

>pheatmap(x,cellwidth=40,cellheight=40,border_color=NA,cluster_col=FALSE,main="ExampleHeatmap",fontsize=15,treeheight_row=120,cutree_row=3)

参数：

cellwidth和cellheight设置小格长宽

border_color设置边界颜色

main设置热图标题

fontsize设置字体大小

treeheight_row/col设置进化树高度

cutree_row设置将图拆分开几部分

5.收工

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